לפני י"ט שנים ביום שישי, ט"ז בחשוון התשס"ב, נותר הדור יתום, והרב שך השיב את נשמתו הטהורה לבוראה. גילו המדויק של הרב לא נודע בוודאות.
בשנת תשי"ב הציע לו מרן הרב מפוניבז' לבוא ולכהן כראש ישיבה בישיבת פוניבז', הרב שך נענה להצעה. הוא התמנה כראש ישיבת פוניבז' וכיהן בתפקידו במשך חמישים שנה.
לידינו הגיע תיעוד של פוניבז' מאותם ימים בתיעוד נראה מרן הרב שך זצ"ל לומד ומלמד את בחורי הישיבה, תלמידים שהקימו דור של לומדי תורה אחריו ובדרכו
