הרב הראשי לישראל הגר"י יוסף, התייחס לדברים שאמר אמש בשיעורו השבועי על רבנים בוגרי ישיבות ההסדר והתפרשו כפגיעה בישיבות הציוניות.
בשיעורו אמש אמר הראשון לציון, "רב עיר בראש ובראשונה צריך להיות בקיא בהלכה. לא קצין ביטחון של איזה עיר או שלמד בישיבת הסדר", הגר"י הוסיף "מה שצריך להיות רב עיר זה אדם שלן באוהלה של תורה. מאוהלה של תורה שילך לרבנות לזכות את הרבים ולהגדיל תורה ולהאדירה".
לאחר סערה שפרצה בקרב תלמידי ישיבות ההסדר, הסביר הגר"י יוסף את דבריו: "הראשון לציון מוקיר ומעריך את תלמידי ישיבות ההסדר ואת תורתם, עומד בקשר תורני רציף עם רבים מהם בשיעורי תורה ובמו״מ הלכתי ומתנצל אם דבריו הובנו שלא כראוי".
"הראשון לציון עמד בדבריו על הצורך של תלמידי חכמים הבאים לכהן בתפקיד רבני עיר ללון בעומקה של הלכה, לצורך כך יש להשקיע מעבר לשנות הלימוד בישיבה מספר שנים ללימוד הלכה לעומקה. הדבר נכון לגבי כל ישיבה מכל סוג וגם לגבי ישיבות הסדר", הוסיף הגר"י יוסף.
