מוקדם יותר סמוך לשעה 13:30 מחבל בן 16 דקר אזרח וחייל שעמדו בתחנת הרכבת בגבעת התחמושת בירושלים, שני הפצועים פונו לבית החולים הדסה הר הצופים כשהם מוגדרים במצב בינוני, המחבל נוטרל ע"י לוחם משמר הגבול, מותו של המחבל נקבע במקום.
"הגעתי לתחנת הרכבת הקלה בגבעת התחמושת, זיהיתי מחבל שדקר אזרח מספר פעמים בגבו, רצתי אחריו, צמצמתי טווח ויריתי בו מספר כדורים עד לנטרול המחבל. אנו נמשיך להיות כאן בשביל להגן על האזרחים והמולדת ואני מאחל רפואה שלמה לפצועים." כך אמר לוחם מג"ב ל', המשרת במג"ב שנטרל את המחבל בתחנת הרכבת הקלה בגבעת התחמושת.
נשיא המדינה ראובן ריבלין הגיב ואמר על פיגוע הדקירה: "תפילותינו נתונות לרפואת הפצועים בפיגוע הדקירה בצומת המטה הארצי בירושלים. תחזקנה ידי הכוח אשר פעל במהירות במקום על מנת לנטרל את המחבל. לא נאפשר לטרור הארור להרים ראשו ונאבק בו ללא פשרות". אמר
