מרן גאון הגר"ד לנדו ערך את מנהג הכפרות לפנות בוקר בערב יום כיפור. במהלך היום העתיר על עשרות אלפי תורמים לקופות השונות וכן על אלפי קויטלאך ששלחו למעונו מעוכבי זיווג ומחוסרי פרי בטן. עם כניסת החג בתפילת כל נדרי התפלל ראש הישיבה את התפילה בישיבת סלבודקא כאשר לפני העמוד עובר לפני העמוד הגאון רבי משה ליזרזון. כאשר מימינו עומד גדול הדור הגר"ד לנדו ומשמאלו ראש הישיבה הגרמ"ה הירש. ראש הישיבה הגר"ד לנדו קיבל את עליית שלישי וראש הישיבה הגרמ"ה הירש את עליית מפטיר.
במהלך יום הכיפורים אמר ראש הישיבה הגר"ד לנדו מספר פעמים לתלמידים שהגיעו לבקש את ברכתו כשהם עצבים "צריך להיות בשמחה, ואנו בטוחים שהקב"ה ימחל לנו בדין". לפני תפילת נעילה העתיר על רבבות תורמי הקופות השונות. לאחר נעילה לקח את ראש הישיבה הגר"ד לנדו מקורבו הרב אליהו גולדמן מפעילי החינוך בבני ברק. עם הגעיו למעונו המתינו המונים לקבל את ברכתו.
