סיפר החברותא של מרן שר התורה הנכד הגאון ר' גדליה הוניגסברג שהיה במחיצתו בליל שבת האחרון עד הנץ.
ולדבריו בשעה 02:00 לפנות בוקר קם מרן ללמוד עד הבוקר. וקצת לפני הנץ שמעו אותו נאנח ונבהלו מה הוא כ"כ נאנח.
מיד שאלוהו מה כואב לו. ומיד אמר כואב לי שלא גמרתי את ההספק
ואז אמר לו המשב"ק ר' שעייה אפשטיין, הלואי עלי כאבים. אם הכאבים זה בגלל שלא מספיקים ללמוד, ומיד צעק שר התורה, חלילה, מדוע אתה מקלקל את עצמך. אמר הנכד "סבא הרגיש שזה קללה לא לגמור הספקים שרוצים ללמוד"
כידוע מרן שר התורה הגר"ח קניבסקי לומד בכל יום 7 דפים בבלי וירושלמי וכך נוהג לסיים את הש"ס כל שנה בערב פסח, מרן אומר כי אלו "החובות" שלו ולא מחסיר משנות בחרותו אפילו יום אחד מלימוד זה, גם בשמחת נישואי בניו ובנותיו לא החסיר את הסדר הקבוע
במהלך השנים למד מרן שר התורה הגר"ח קניבסקי את התלמוד הבבלי והירושלמי עם מספר חברותות, בהם הרב אלעזר צדוק טורצין עמו הוציא את ספרו שונה הלכות, הרב חיים ישראל שפירא, הרב אברהם גולדשמידט והרב גדליה נדל. בשנים האחרונות הוא לומד בעיקר עם בניו ונכדיו. את התלמוד הבבלי הוא לומד עם בנו הגאון רבי יצחק שאול
