עם תום מערכת הבחירות לרבנות הראשית לישראל, בהם נבחר הגאון רבי דוד יוסף לתפקיד הראשון לציון והרב הראשי לישראל, מ"מ נשיא בית הדין הגדול, הגר"מ עמוס שהתמודד אף הוא על התפקיד, שיגר הודעת ברכה "על בחירתו של הגאון הגדול רבי דוד יוסף לכהן פאר כראשון לציון והרב הראשי לישראל ולהנהיג את עולם הרבנות והדיינות בישראל. זהו יום חג לכלל ישראל שבנו של מרן רבנו הגדול זוכה לשבת על כיסאו. בעזרת השם, נקבל את פני הראשון לציון בבית הדין הגדול, כנשיא בית הדין הגדול ועל פיו יישק כל דבר. יש לברך על קיום בחירות נקיות ומכובדות כיאה לתלמידי חכמים, והאמת והשלום אהבו".
כזכור, הגר"מ עמוס שפעל כמועמד עצמאי, ללא אף מפלגה מאחוריו אך זכה לתמיכת הרב הראשי לשעבר, הגר"י יוסף, הפסיד במרוץ והגיע למקום האחרון בין המתמודדים לתפקיד הרב הראשי הספרדי, לאחר שזכה ב-21 קולות. במקום השני זכה הגר"ש אליהו עם 44 קולות והגר"ד יוסף שניצח את הבחירות זכה ב-72 קולות.
יצוין, כי עם תום הבחירות, הגר"ד יוסף והגר"מ עמוס צפויים להיפגש כבר מחר בבית הדין הרבני הגדול שבבניין הרבנות הראשית לישראל. הגר"מ עמוס שכיהן בחודשים האחרונים כמ"מ נשיא בית הדין הגדול ימשיך לכהן כדיין עד לפרישתו הצפויה בעוד כארבעה חודשים עקב הגיעו לגיל פרישה.
במטה הגר"מ עמוס ביקשו להודות לתומכיהם בגוף הבוחר, אך הדגישו כי: "עתה נתאחד כולנו יחד עם כל עולם התורה הספרדי תחת הנהגתו ולאורו של הראשון לציון הנבחר, הגאון רבי דוד יוסף, ובעזרת השם מו"ר הרב מיכאל עמוס שליט"א, יעמוד לימינו בכל עניין".
