בעקבות פרסום ההקלטות המיוחסות לראש המחלקה היהודית בשירות הביטחון הכללי, בהן נשמע לכאורה בכיר הארגון מתבטא באופן מזלזל כלפי מתיישבים וטוען כי הוא מבצע מעצרים ללא ראיות מספיקות, מתח יושב ראש מפלגת זהות, משה פייגלין, ביקורת נוקבת על פעילות היחידה. במסר שפרסם הגדיר פייגלין את המחלקה היהודית בשב"כ במילים קשות: "לגידול הממאיר המכונה 'המחלקה היהודית בשב"כ' יש רק תקנה את – והיא עקירתו וביטולה המוחלט של הקונספציה שיצרה את הזוהמה האנטישמית הזו".
פייגלין בחן בהודעתו את ההצדקה המהותית לקיומה של מחלקה ייעודית בשב"כ המתמקדת בפעילות יהודית. לדבריו, "תפקידו של השב"כ הוא להתמודד עם אויבי המדינה. פשיעה לאומנית של יהודים אינה נכנסת בשום צורה לקטגוריה הזו והטיפול בה הוא תפקידה של המשטרה לא של גורמי הביטחון".
בהמשך דבריו, טען יו"ר זהות כי מאחורי הקמת היחידה עומדים מניעים פוליטיים ולא ביטחוניים טהורים. "העברת הטיפול בפשיעה האידאולוגית מימין לידי השב"כ נועדה לשרת מטרה פוליטית והיא לסמן את הימין כאויב", כתב פייגלין. הוא הוסיף כי לדעתו, "ה'פטנט' המתועב הזה של שימוש במערכת הביטחון למטרות פוליטיות, הוביל לבסוף לריקבון העמוק בשב"כ, שנטל חלק מרכזי בתופעת ה'אחים לנשק', הסרבנות בצבא וההתנהלות שהובילה לזוועות ה-7 באוקטובר".
פייגלין לא הסתפק בהשעיית בכירים בודדים בעקבות החשיפה, וטען כי "מי שחושב לטאטא את הגידול הממאיר שהתפתח בשב"כ אל מתחת לשטיח בצורה של השעיית מפקד כזה או אחר, יקבל את ההתפרצות הסרטנית של השביעי באוקטובר הבא". בסיום הודעתו, פירט פייגלין את הצעדים שלדעתו יש לנקוט: "יש לסגור את המחלקה האנטישמית בשב"כ, לפטר לאלתר את כל הפיקוד האידאולוגי בארגון ולהעמיד בראשו דמות חיצונית לאומית שאינה מתבלבלת בין אויב לאוהב – גם אם סרח".
הביקורת של פייגלין מצטרפת לשורת תגובות ציבוריות ופוליטיות לחשיפת ההקלטות, המעלות שאלות לגבי התנהלות השב"כ בכל הנוגע לטיפול באירועים הקשורים למתיישבים יהודים ביהודה ושומרון.
