כמידי שנה בשנה, גם הבוקר הניפו בישיבות פוניבז' ובית מתתיהו את דגל ישראל.
מנהג הנפת הדגל בישיבת פוניבז' החל עם קום המדינה, בהוראתו של מייסד הישיבה הגאון רבי יוסף שלמה כהנמן זצ"ל שהנהיג לתלות את הדגל בגג הישיבה למשך כשמונה שעות ביום העצמאות.
מאז ועד היום, הפך המנהג לקבע ונשיא הישיבה, הגאון רבי אליעזר כהנמן מקפיד על הנפת הדגל מידי שנה בשנה, מהשעה 08:00 בבוקר ועד לשעה 16:00. בשנים האחרונות אף הוצבו מאבטחים שישמרו על נוכחותו של הדגל בשעות אלו, זאת בשל הניסיונות בשנים קודמות להסיר את הדגל.
אולם לא רק בפוניבז' מניפים את הדגל, אלא גם בישיבת בית מתתיהו שבשכונת גבעת רוקח הבני ברקית. הנפת הדגל נעשתה בהוראתו של מייסד וראש הישיבה הגר"ב וייסבקר זצ"ל. גם לאחר הסתלקותו של ראש הישיבה, מנהג הנפת הדגל נשמר והוא התנוסס על גג הישיבה.
