בית המשפט העליון קבע כי החלטת הממשלה לסיים את כהונת ראש השב"כ התקבלה בהליך לא תקין ובניגוד לדין. בתוך כך, נקבע כי הממשלה לא עמדה בחובתה להביא את סוגיית סיום כהונת ראש השב"כ לפני הוועדה המייעצת לעניין מינויים לתפקידים בכירים; כי ההחלטה התקבלה כאשר ראש הממשלה עמד בניגוד עניינים נוכח החקירות בעניינם של מקורביו; כי ההחלטה התקבלה ללא תשתית עובדתית; וכן מבלי שהתקיים שימוע כדין לראש השב"כ. נוכח הודעת ראש השב"כ על כוונתו לסיים את כהונתו, נקבע כי בנסיבות העניין אין צורך במתן סעד מעשי.
הנשיא יצחק עמית הדגיש בפסק דינו כי החלטה על סיום כהונתו של ראש השב"כ, אחד משבעת בכירי השירות הציבורי שנדרשים באישור הוועדה המייעצת וראש ארגון ביטחון. על רקע זה התעוררו בעתירות שאלות כבדות-משקל בנוגע לחוקיות ההליך החריג והתקדימי, וכן ביחס לפעילותו התקינה, לעצמאותו, ממלכתיותו ולאי-תלותו של שירות הביטחון הכללי.
עוד הוסיף עמית וקבע כי ראש הממשלה היה מצוי בניגוד עניינים במועד קבלת ההחלטה, על רקע חקירות מקורביו במסגרת פרשת הדלפת המסמכים המסווגים ופרשת המימון הקטארי. זאת בפרט מכיוון שראש הממשלה הודיע בעצמו, בכמה הצהרות תקשורתיות, כי החקירות עשויות להשפיע, בין היתר, על מצבו האישי והפוליטי.
לבסוף קבע הנשיא שהממשלה והעומד בראשה לא עמדו בחובה לקיים שימוע לראש השב"כ בטרם קבלת ההחלטה על סיום כהונתו. צוין כי ראש הממשלה והממשלה לא הציגו בפני ראש השב"כ את הטענות כלפי תפקודו באופן מפורט דיו; וכי לראש השב"כ לא ניתן פרק זמן מספק לצורך הכנה לשימוע. מכיוון שמלכתחילה לא ניתנה לראש השב"כ הזדמנות לקיים את זכות השימוע כהלכתה – נקבע שאין לראות באי-התייצבותו לישיבת הממשלה כוויתור על זכויותיו בנושא.
