בסביבות השעה 3:00 לפנות בוקר (שלישי), זמן קצר לאחר שהיאכטה שבה שהו עגנה בנמל אשדוד, הועברו פעילי "המשט לעזה" לנמל התעופה בן גוריון לצורך גירושם מישראל.
ארבעה מהפעילים, ביניהם פעילת האקלים גרטה טונברג, חתמו על טופס יציאה מרצון מהארץ. טונברג, הידועה בהתנגדותה לשימוש במטוסים בשל זיהום האוויר, עלתה בכל זאת על טיסה לפריז.
שמונת הפעילים הנותרים סירבו לחתום על יציאה מרצון. ביניהם נמנית רימא חסן, חברת פרלמנט אירופי מצרפת הידועה בעמדותיה האנטי-ישראליות, שבעבר כבר גורשה מישראל לאחר שנחתה בנתב"ג. הפעילים שסירבו לגירוש, כולל חסן, נעצרו ל-96 שעות במתקן המשמורת "גבעון" המיועד לשוהים בלתי חוקיים. בתום תקופה זו, ניתן יהיה לגרשם מישראל, בין אם בהסכמתם ובין אם לאו.
שר הפנים משה ארבל מסר: "מדינת ישראל לא תאפשר פגיעה בריבונותה באמצעות פרובוקציות של משטי מחאה בגבולותיה. אני מודה לעובדי רשות האוכלוסין וההגירה על הפעולה המהירה, המקצועית והאחראית למען שמירה על ביטחון המדינה והסדר הציבורי. הנחיתי לאסור את כניסתם לישראל של 12 המשתתפים במשט בהתאם להוראות הדין ולהחזירם למדינות המוצא".
