ציר דרמטי וחשאי במיוחד נרשם בעיצומו של המצב הביטחוני הרגיש, הרחק מעיני התקשורת והציבור. כאשר ראש הממשלה בנימין נתניהו נפגש במהלך מבצע שאגת הארי עם הנשיא הרצוג בפגישה חשאית שלא דווחה עד כה לציבור, מה שמצית גל של שמועות במערכת הפוליטית באשר לתוכן הדברים שנדונו בין כותלי החדר הסגור. המפגש, שנועד רשמית לצורך עדכונים שוטפים, התקיים תחת מעטה כבד של סודיות ובמיקום חריג, כאשר מטרת הפגישה הייתה הייתה סקירה ביטחונית והיא התקיימה במתקן ביטחוני מסווג.
הפרטים המלאים סביב האירוע הממודר נחשפים כעת לראשונה בערוץ 14 על ידי הכתב מוטי קסטל, שמשרטט את השלבים של המפגש יוצא הדופן. על פי הדיווח, בתום הפגישה הביטחונית עם המזכירים הצבאיים של שני הצדדים, השניים נותרו בחדר לפגישה אינטימית ב-4 עיניים שארכה דקות ארוכות. אותן דקות ממושכות שבהן שהו השניים לבדם ללא נוכחות יועצים או אנשי ביטחון מעוררות סימני שאלה רבים, במיוחד לאור העובדה כי בפגישה הפרטית בין השניים לא פורסם על מה השניים דברו.
התזמון של המהלך המסתורי הזה אינו מקרי ומגביר את החשדנות בקרב גורמים פוליטיים שונים. יש לציין כי הפגישה הייתה אחרי הגשת בקשת החנינה, ובניגוד לעדכונים ביטחוניים בעבר, השניים לא עדכנו על הפגישה הזו עד לרגע זה ממש. המסתורין מעמיק עוד יותר לנוכח התגובות הסותרות והשתיקה הרועמת מצד הלשכות; הנשיא הרצוג אכן מודה בקיומה של הפגישה הזו, אבל מכחיש בתוקף שנפגש עם רה"מ ב-4 עיניים בסיומה. מטעמו של רה"מ לא נמסרה תגובה.
הרקע לפגישה המדוברת רווי במתחים משפטיים וציבוריים קודמים שמעסיקים את המדינה חודשים ארוכים. כזכור, בסוף חודש אפריל בית הנשיא אישר את הדיווח שפורסם בזמננו בעיתון ה"ניו יורק טיימס", לפיו הנשיא יצחק הרצוג החליט שלא להעניק חנינה לראש הממשלה בנימין נתניהו בשלב זה, ובמקום זאת הוא מוביל קו אקטיבי לקידום הסדר טיעון וגישור בין נתניהו לפרקליטות. כעת, חשיפת המפגש הנוכחי במתקן המוגן מטילה אור חדש על מערכת היחסים המורכבת בין השניים.