ראש הממשלה בנימין נתניהו, בגיבוי מלא וגורף של כל צמרת מערכת הביטחון הישראלית, הביע הבוקר (ראשון) הסתייגויות חריפות ויוצאות דופן מההסכם המתגבש, ומסרב לקבל את התכתיבים האמריקניים שמנסים לכבול את ידיו של צה"ל בעיצומו של מבצע "שאגת הארי". בישראל משוכנעים כי מדובר במלכודת דבש מסוכנת שנועדה להעניק חבל הצלה לטהרן ולשלוחותיה.
נתניהו ומערכת הביטחון סבורים פה אחד כי האיראנים פועלים בטקטיקה מוכרת של משיכת זמן כדי להוריד את הלחץ הצבאי והכלכלי, ומתריעים כי בעוד 60 ימים בדיוק, החברה הבינלאומית תתעורר ותגלה מחדש את אותו חוסר פשרה איראני קיצוני. שתי נקודות מרכזיות בסוגיית הגרעין מטרידות ומקוממות את הדרג המדיני בישראל: ראשית, העובדה שעיקר ההסכמות וסוגיות המפתח הקריטיות בנוגע לתוכנית הגרעין נדחקו הצידה ויידונו רק בשלב השני של המשא ומתן. שנית, עצם דחיית הדיונים הללו ב-60 ימים משמעותה המיידית היא שהאפשרות של תקיפה צבאית ממוקדת ורחבה באיראן בזמן הקרוב – מהלך אסטרטגי שראש הממשלה נתניהו דחף לו בכל כוחו בתקופה האחרונה – יורדת כעת לחלוטין מהפרק בגלל הלחץ של הבית הלבן. בירושלים מודים כי הדיווחים לפיהם איראן הסכימה להוצאת מצבור האורניום המועשר ל-60% מחוץ לאדמתה היא אכן נקודה חשובה ודרמטית, אך מדגישים כי ללא פתרון לשאר רכיבי תוכנית הגרעין, מדובר בהישג חלקי ומסוכן.
מלבד סוגיית הגרעין, ישראל מודאגת מהזיקה הכפויה שהכניסו האמריקנים בין הזירות. על פי ההדלפות והדיווחים על טיוטת מזכר ההבנות, ההסכם כולל סעיף מפורש המחבר בין הפסקת האש מול איראן לבין סיום המלחמה והפסקת האש מול חיזבאללה בלבנון. פעם אחר פעם הדגישו בכירים ישראלים בצורה החד-משמעית ביותר כי אין ולא יהיה שום קשר או התניה בין הזירות, וכי ישראל תסיים את המערכה בצפון רק כאשר חיזבאללה יושמד לחלוטין ותושבי הצפון יחזרו לבתיהם בביטחון. הכללת לבנון בטיוטה נתפסת בירושלים כניסיון אמריקני בוטה לכפות על ישראל סיום מלחמה בטרם עת, ונתניהו נחוש להבהיר לוושינגטון כי ישראל תשמור על חופש הפעולה המבצעי שלה בכל החזיתות, ללא קשר לוויתורים שמספק הממשל האמריקני לטהרן.
