בתקופה שבה עמד בראש ארגון המוסד, בין השנים 2016 ל-2021, החל יוסי כהן לקדם את התשתית למבצעים ששינו את פני המערכה המודיעינית והביטחונית של ישראל. בראיון מקיף שהעניק למגזין הצרפתי "Le Point", חשף כהן פרטים מפתיעים על האופן שבו הצליח המוסד להפוך את שרשראות האספקה של אויבי ישראל למלכודות מוות. אחד המבצעים המדוברים ביותר, שתפס את הכותרות בעולם כולו, היה מבצע הביפרים נגד חיזבאללה.
כהן סיפר כי היה מעורב בתכנון ארוך הטווח של מבצע הביפרים בתקופה שבה עמד בראש המוסד. לדבריו, ברוב המקרים הביפרים תוכננו כך שיתריעו על הגעת הודעה מוצפנת, שניתן היה לפתוח רק באמצעות לחיצה בו-זמנית על שני כפתורים. הדבר אילץ את המשתמש להחזיק את המכשיר בשתי ידיו סמוך לפנים או לבית החזה, ובכך הגביר את האפקט של הפיצוץ. כהן הוסיף כי מכשירי הקשר שנכללו במבצע שימשו את חיזבאללה במשך שנים והיוו חולשה משמעותית במערך הביטחון הפנימי של הארגון.
שיטות דומות הופעלו גם מול איראן, כאשר המוסד השתלב בשרשראות האספקה של טהרן באמצעות חברות קש. כהן מסביר שבדומה למבצע הביפרים, איראנים רכשו ציוד דרך חברות שלמעשה היו בשליטת המוסד או חדרו אליהן. לאחר שהציוד הגיע לידי האיראנים, ניתן היה לשנות אותו, לחבל בו, להחדיר לתוכו חומרי נפץ ולהפעילו בעת הצורך. כדוגמה בולטת, הוא מזכיר את האירוע במתקן הגרעין בנתנז באפריל 2021, שבו הושמדה מערכת הקשורה לצנטריפוגות.
לדבריו, המוסד הוא שמכר לאיראנים את המערכת, לאחר שהוחדרו אליה חומרי נפץ מראש. כהן טוען כי הוא עצמו אישר את הפעלת המטען כשעמד בראש המוסד. לדבריו, המבצע בוצע בשיתוף אחת מחברות הביטחון היוקרתיות בישראל והוביל לנזק משמעותי במתקן. כהן מדגיש כי לדעתו פעולות החבלה המתמשכות, הסוכנים שפעלו בתוך איראן, גניבת ארכיון הגרעין, והמבצעים החשאיים השונים, הם שמנעו מאיראן להגיע לנשק גרעיני.
כהן התייחס גם לאחד המבצעים הנועזים בהיסטוריה המודיעינית – חילוץ ארכיון הגרעין האיראני. כשנשאל אם המבצע החשוב ביותר שביצע היה הוצאת ארכיון הגרעין האיראני מטהרן בשנת 2018, כהן משיב: "זו הייתה אחת המשימות החשובות ביותר". הוא ציין כי עם כניסתו לתפקיד, התקבל מידע לפיו מוחסן פחריזאדה ריכז את כלל החומרים החסויים לאתר אחד סודי, וכי הוא עצמו הגה את היוזמה להביא את החומרים לישראל.
כשנשאל אם הרעיון היה שלו או של נתניהו, השיב באופן חד-משמעי כי הרעיון היה שלו. לדבריו, לא אכפת לו אם אחרים ייחסו את ההצלחה לנתניהו, אך היוזמה עצמה הייתה שלו". כהן הבהיר כי המידע שנחשף ב-2018 שינה את תפיסת העולם העולמית כלפי תוכנית הגרעין האיראנית והיווה נדבך משמעותי בהחלטת הנשיא טראמפ לפרוש מהסכם הגרעין.
במישור המדיני, התייחס כהן ליחסיו עם מנהיגים בעולם, ובפרט עם נשיא רוסיה, ולדימיר פוטין. כהן סיפר על פגישתו הראשונה עם נשיא רוסיה ולדימיר פוטין, כשליווה את בנימין נתניהו בתפקידו כיועץ לביטחון לאומי. לדבריו, במהלך ההיכרות הראשונה פוטין הבהיר לו שהוא כבר מכיר היטב את הרקע שלו ואת קורות חייו. כהן מתאר תחושת "הבנה מיידית וכבוד מקצועי" בין שני אנשים שבאו מעולם המודיעין.
לדבריו, המפגש ההוא הניח את היסודות ליחסי עבודה שנמשכו במשך שנים. הוא אף סיפר כי עם הזמן החל לראות בפוטין "עמית" במובן המקצועי, משום ששניהם פעלו במשך שנים בעולם החשאי של המודיעין בשל עברו של פוטין בק.ג.ב. לבסוף, סיכם כהן את חזונו האסטרטגי: "לדבריו, אחת ההשקעות החשובות ביותר שלי הייתה יצירת התנאים הדרושים להסכמי אברהם בין ישראל, איחוד האמירויות, בחריין, סודאן ומרוקו. ואחרות עוד יבואו. השאיפה להסכמי שלום היא בעיניי היעד האסטרטגי ובעל החזון של מדינת ישראל".
