חלקים מהנספח הביטחוני החסוי להסכם בין ישראל ללבנון נחשפו הערב (ראשון), ומלמדים על הסעיפים שנשמרו מחוץ להסכם שפורסם לציבור. המסמך כולל בין היתר מנגנונים הנוגעים לנסיגת צה"ל, חופש הפעולה המבצעי בדרום לבנון והחשש מהשפעה איראנית על יישום ההסכם.
לפי דיווח בחדשות 12, בעוד נוסח ההסכם המלא פורסם באתר משרד החוץ האמריקני, הנספח הביטחוני נותר חסוי לבקשת ממשלת לבנון. עם זאת, הותר לפרסם את עקרונותיו.
לפי סעיף ארבע לנספח, הוסכם בין המדינות כי לא יקבע לוח זמנים מוגדר מראש לנסיגות. המשמעות המבצעית היא שאין נסיגות אוטומטיות, אלא מהלכים שיתבצעו אך ורק על פי הצורך בשטח ומבחן התוצאה, זאת לאחר שממשלת לבנון נתנה את הסכמתה המפורשת לתנאי זה.
בנוגע לפריסת כוחות בשטח, נקבע כי לא יתווספו פיילוטים נוספים ללא הסכמה ישראלית. בשלב זה קיימים שני פיילוטים בלבד בתאי שטח מוגדרים, כאשר בצה"ל מעריכים כי השלמת כניסת צבא לבנון אליהם תימשך מספר שבועות. הנספח מעגן רשמית את חופש הפעולה המלא של צה"ל בתוך הקו הצהוב, ומאפשר לצבא לפעול נגד איומים מיידיים ומתהווים.
למרות ההסכמות, במערכת הביטחון הישראלית מזהים שני מוקדי סיכון מרכזיים. האחד הוא ניסיונות של חיזבאללה לאתגר את יישום ההסכם בשטח. השני, מורכב יותר, נוגע למעורבות האיראנית. לפי הערכות, טהראן מנסה להשתמש ב"ציר עוקף" דרך ההסכם שלה מול ארה"ב כדי להפעיל לחץ.
החשש המרכזי בישראל הוא שאיראן תפעל מול הממשל האמריקני ותטען: "אתם חייבים לגרום לכך שישראל בכל זאת תיסוג מכל השטח, אם אתם מעוניינים בהסכם הגדול איתנו". ההערכה היא כי איראן מתכננת לאתגר את וושינגטון במסגרת המשא ומתן ביניהן, כדי לכפות בסופו של דבר נסיגה ישראלית מלאה מהשטח.
