הרב הראשי לישראל, הרב קלמן מאיר בר, שיגר מכתב אישי, נוקב אל שר הביטחון ואל הרמטכ"ל, בו הוא יוצא בתקיפות נגד ההחלטה הפיקודית להדיח את חיילי גבעתי בשל לכאורה סירוב פקודה. ומזהיר מפני השלכות הרוחב של הצעד על מערכת היחסים המורכבת בין הציבור הדתי לצה"ל.
במכתבו התייחס הרב הראשי למשמעויות הציבוריות והחינוכיות של המשפט הצבאי וכך כתב: "כשבאים לדון בסוגיא שיש לה הד ציבורי גדול, לענ"ד יש להוסיף לשיקול הדעת גם את ההשלכה שעלולה להיות להחלטה זו. לנו יש כלל שנקרא "שו"ע החמישי", אלו דברים שאינם מופיעים בספר החוקים אלא השכל הישר מחייב אותם."
בהמשך המכתב תקף הרב הראשי בחריפות את המקורות הנורמטיביים שעל פיהם נקבעו הכללים והפקודות בצבא, תוך שהוא מעמיד מנגד את ערכי הנצח של תורת ישראל: "זאת ועוד, לצה"ל נקבעו קודים, הקודים נקבעו ע"י גורמים מסוימים שחלקם אינם מאנשי השירות הצבאי אלא גורמים אקדמאים ואנשי רוח. תורת ישראל, שהיא התשתית עליה קיימת זכותנו על ארץ ישראל ובזכותה אנו כאן, קבעה גם היא קודים להתנהלותו של צבא יהודי. הכלל החשוב הוא – "והיה מחניך קדוש".
היכן נעלמו זכויותיו של החייל הדתי שתופעות מסוימות נוגדות את אורח חייו? וכי אין לו זכות לשרת בגלל השקפת עולמו שמונעת ממנו לעשות כל דבר. כשהוקם צה"ל היה ברור, ואף אחד לא ערער על כך שיש ליתן מענה לענייני כשרות, שבת וכו' למי שחי על פי אמונתו. מדוע בנושא השירות המשותף אין זכות אמירה לחייל דתי, שומר תורה ומצוות, שענייני "קדושת המחנה" מבחינתו הם קיומיות. אני פונה אליכם לשנות הוראות בתחום זה שיתאימו לאורח חייו של החייל הדתי."
כאבו של הרב הראשי בלט במיוחד נוכח המסירות וההקרבה המופלאה של הלוהמים הדתיים הפועלים בשדה הקרב: "ליבי נחמץ מהעובדה שבני ישיבות ההסדר ואחרים הששים להתגייס במטרה קדושה לחרף נפשם למען הצלת ישראל, אכן זכות גדולה נתגלגלה לידם, כמה חבל שאותם אלו שינקו את תרבותם מתרבות זרה והם רחוקים מתורת ישראל הם קבעו את הקודים על פיהם חיילי ישראל יקיימו את שליחותם, ועל סמך זה נפסקו את דינם לשבט."
הרב הראשי חתם את מכתבו במחאה גלויה ובקשה דחופה למפקדי הצבא לחזור בהם מההחלטה הקשה כדי למנוע קרע עמוק בתוך העם: "צר לי למחות על מה שנעשה. פעולה כזאת להעמיד לדין חיילים שכל מעיינם לשמור על קדושת המחנה יש בה כדי להמיט אסון על הצורך לשילוב כולם במערכה זו. אני כותב את דברי מלב כואב ומתוך אחריות לעם ישראל ולאחדות העם. אבקשכם בכל לשון של בקשה לשנות את ההחלטה ולהציב מול עינכם את דברי אלו."
