תפילות יום הכיפורים התקיימו בהיכל ישיבת 'כסא רחמים' בראשות ראש הישיבה הגה"צ הרב צמח מאזוז שליט"א, המונים מבוגרי הישיבה הגיעו מכל רחבי הארץ להסתופף בצל הישיבה ביום הקדוש בשנה. ערב קודם לכן, כמידי שנה במוצאי השבת הוזמן חבר מועצת הרבנות הראשית רו"מ 'יביע אומר' הגאון הרב יגאל כהן לשאת את משא דרשת שבת שובה בהיכל הישיבה. בערב היום הקדוש ערך ראש הישיבה פדיון כפרות באופן אישי לרבים מבחורי הישיבה וכן פדיון נפש עבור ידידי הישיבה.
בדברי כיבושין קודם 'כל נדרי' עמד הגר"צ על סתירה שיש לכאורה כי בתפלה אנו מכנים את יום הכיפורים – "יום אדיר בימי שנה" ומאידך בגמרא נאמר "לא היו ימים טובים לישראל כיום הכיפורים"? ראש הישיבה ביאר כי לשבים בתשובה שלימה ומתחרטים – הוא יום טוב, ומאידך לשאינם – הוא יום אדיר ונורא לחיוב.
עוד אמר הגר"צ כי כעת היא הישורת האחרונה ועלינו להתעורר כי ביום זה נחתם מהלך כל השנה כולה. ראש הישיבה ציין כי אנחנו רואים בעין את התקרבות הגאולה, והוסיף כי בערב החג סיפר לו תלמיד שראש הממשלה השתתף אמש בסליחות המרכזיות בכותל המערבי, הגר"צ התבטא כי אם לאחר 78 שנים מהקמת המדינה, רה"מ מגיע ומשתתף בפומבי בסליחות, אחר שלא קרה כך אף פעם, זהו מראה יוצא דופן שמעיד גם על ההתקרבות בעם בזמן זה.
בהוצאת ספרי התורה ב'כל נדרי' כיבד ראש הישיבה בישיבה הקטנה את הבחורים המתחייבים לקבל על עצמם שלא להפסיק בדברים בטלים בסדרי א' וב' עד לסוף זמן חורף. ובישיבה הגדולה לאלו המקבלים על עצמם סך מסוים של דפי גמרא. ספר 'כל נדרי' היה ספר התורה שהוכנס לפני כשלשה חודשים לכבודו של ראש הישיבה זצ"ל. לאמירת 'כל נדרי' עמדו ראש הישיבה, הגר"י חדאד והגר"מ סגרון – משגיחי הישיבה הגדולה הקטנה.
קטע מרטיט נרשם השנה עת ערך הגר"צ לאחמ"כ את ההשכבות לגדולי וחכמי ישראל כנהוג לאחר 'כל נדרי', והזכיר השנה בתוכם לראשונה את אֶחָיו ראש הישיבה זצ"ל והגאון רבי רחמים מאזוז זצ"ל, כאשר קולו נשנק מבכי.
בתפילת ערבית עבר לפני התיבה הגאון הרב עובדיה מאזוז, בנו של הגר"צ ור"מ בישיבה, בסיום התפלה קראו יחד את משניות מסכת יומא ולאחמ"כ עברו המוני תלמידי ובוגרי הישיבה לברכת 'גמר חתימה טובה' כנהוג. הגר"צ קרא שלא להתעכב יתר על המדה בלימוד ובתפלה בלילה ואמר כי זו עצת היצר כי העושה כן למחר העייפות תגבר עליו ונמצא יוצא שכרו בהפסדו.
קודם שחרית הביא ראש הישיבה מדברי הגר"נ יגן זצ"ל שציטט כמה מגדולי הדורות שבשנים עברו אחר שראו ממאורעות השנה התבטאו: "אילו הייתי יודע באלול הקודם שכך ייגזר, היינו מרעישים עולמות". ואמר כי כעת זו ההזדמנות לפני החתימה ושלא נתעורר מאוחר ונאמר למפרע. בתפילת שחרית עבר לפני התיבה הגאון הרב יצחק בוכריץ, מרמ"י הישיבה.
הגאון הרב רפאל מאזוז, בנו של הגר"צ ומרמ"י הישיבה, עבר לפני התיבה בתפלת מוסף. קודם התפלה התבטא ראש הישיבה כי זו התפלה המרכזית שביום וגם אם נחה על אדם עייפות שלא ירתע אלא יאזור כגבר חלציו ויתעורר בתחינה. בקריאת ההפטרות בשחרית ובמנחה כיבד ראש הישיבה את הרב יאיר מאזוז, בנו של הגאון רבי רחמים מאזוז זצ"ל, מראשי הישיבה, שהלך לעולמו בשנה החולפת.
לפני התיבה בתפלת מנחה עבר הגאון הרב נסים מאזוז, מרמ"י הישיבה. בדברי כיבושין שנשא הגר"צ קודם תפלת נעילה כי שגור בפי העולם המשפט "פיספסתי את הרכבת", ועכשיו זה ממש כך אלו הרגעים האחרונים לפני החיתום ועלינו לנצלם, להתחרט ולקבל קבלה טובה ולהראות נכונות ורצינות לפחות בשעת הנעילה. בשיאו של היום הקדוש בתפלת הנעילה עבר ראש הישיבה כשליח ציבור לפני התיבה.
בתפלת ערבית שימש כש"צ הרב יאיר מאזוז, בנו של הגר"ר מאזוז זצ"ל. כאשר עם צאת הצום בזמן רבנו תם, תקע הגר"צ בשופר ולאחר מכן ערך הבדלה. בסיום עברו לפני ראש הישיבה כלל בחורי הישיבה ובוגריה לברכת 'תזכו לשנים רבות נעימות וטובות' כנהוג. לאחר טעימה קלה נערך סדר לימוד ממושך של כלל בני הישיבה בבית המדרש כפי הנהוג מידי שנה בצאת היום הקדוש.
בסיום יצאו תלמידי הישיבה לרחוב הרב עוזיאל יחד עם הגר"צ לברכת הלבנה ברוב עם. בשונה מהמנהג הקבוע בישיבה אותו הנחיל מרן ראש הישיבה הגר"מ מאזוז זצ"ל לברך ברכת הלבנה קודם יום הכיפורים להרבות במצות קודם חיתום הדין וכפי שכתב למעשה מרן החיד"א זיע"א. השנה ערך הגר"צ את הברכה עם סיום היום הקדוש, זאת בשל שנבצר מלברך קודם לכן היות ולא נראתה הלבנה במוצאי השבת והיתה מכוסה בענן.
בישיבה נהוג כי בכל תפלה בימים הנוראים, פתיחת ההיכל של תפילת הפרנסה נמכרת בדפי גמרא. הפתיחה נמכרה בכלל התפילות בסכומים גבוהים של עשרות אלפי דפים, כאשר בסך הכללי הגיעה לסכום של 68,500 דפי גמרא.
