במערכת הביטחון מפנים אצבע מאשימה לעבר אגף הביטחון במשרד התחבורה בעקבות עלייתו של הטייס העומאני המאם אל-המאמי כטייס משנה בטיסת פליי דובאי לישראל. במערכת הביטחון טוענים כי מדובר בכשל שאפשר את כניסתו לישראל.
גורמים בכירים במערכת הביטחון אמרו לכאן חדשות כי: "האחריות מוטלת באופן מלא על מרכז המבצעים לאבטחת תעופה. הם היו אמורים לממש את האחריות שלהם. כל בר דעת מבין שטייס עומאני לא אמור להגיע לכאן".
במקביל, חלוקת האחריות בין הגופים השונים עומדת במוקד הפרשה. שב"כ אחראי לאבטחת חברות התעופה הישראליות, בעוד שטיסות חכורות מטעם חברות ישראליות או חברות זרות נמצאות באחריות מלאה של משרד התחבורה.
בעקבות האירוע, ראש הממשלה בנימין נתניהו הנחה את ראש המל"ל שמואל בן עזרא למנות בודק שיבצע בחינה יסודית של כלל היבטי האבטחה הנוגעים לתעופה האזרחית הזרה לישראל.
במערכת הביטחון מציינים כי לא מדובר במקרה הראשון שבו צוות זר הגיע לישראל בנסיבות שעוררו שאלות. במהלך טיסת חילוץ של ישראלים מדובאי בזמן המערכה נגד איראן לפני כחצי שנה, מטוס חכור עם סימני לאומיות של מולדובה נחת בישראל, כאשר צוות המטוס הורכב מאזרחים מאינדונזיה. לאחר חקירת טייס המשנה בטיסת "פליי דובאי" 1073, המאם אל-המאמי, ההערכה הגוברת בישראל היא כי פעל כמפגע בודד.
הפרשה התפתחה גם לעימות פוליטי סביב שאלת האחריות. ראש האופוזיציה יאיר לפיד תקף את התנהלות הממשלה בחשבון ה-X שלו וכתב: "תחשבו שאתם צריכים לעלות לטיסה עם תינוק וילד בן ארבע ושומעים את נציג הממשלה אומר על טיסת פליי-דובאי, 'אין 100% ביטחון שזה לא יקרה עוד פעם'. תעלו? לא תעלו? תעלו ותתפללו כל הדרך?".
שרת התחבורה מירי רגב השיבה ללפיד והבהירה כי המשרד אינו מחזיק בנתוני הנוסעים והצוות. לדבריה: "משרד התחבורה איננו חשוף לנתונים של רשימות הנוסעים והצוות. משרד התחבורה הוא לא גוף מודיעיני, הוא לא בודק ולא אמור לבדוק וכלל אין לו גישה לנתונים! הגורמים שנחשפו לנתונים הם גורמי המודיעין בלבד".
רגב הוסיפה: "משרד התחבורה, יחד עם גורמי המודיעין, עושים הכול כדי להבטיח את ביטחון הנוסעים. בניגוד לממשלה שאתה היית חבר בה, שעשיתם הכול לתמוך באחים המוסלמים וחמאס יחד עם עבאס". הבדיקה שהורה נתניהו לבצע צפויה לעסוק בחלוקת האחריות בין גופי הביטחון והגורמים האזרחיים בכל הנוגע לאישור צוותי אוויר זרים בטיסות המגיעות לישראל.
