שנתיים לאחר שנחקק חוק ההסדרה – בג"ץ הורה ברוב של שמונה שופטים מול אחד לבטל את "חוק ההסדרה" שנועד להכשיר בנייה בהתנחלויות על קרקע פלסטינית. בראש ההרכב עמדה נשיאת העליון אסתר חיות. נכתב כי בית המשפט הגיע למסקנה כי "הפגיעה הנגרמת לזכויות היא חמורה ומובהקת וכי אין מנוס מן המסקנה שפגיעה זו אינה מידתית ושהנזק הנגרם כתוצאה מן החוק עולה על תועלתו".
השופט נעם סולברג, שהיה בדעת מיעוט סבר כי "חוק ההסדרה מבקש להציב פתרון לא שגרתי לבעיה קשה ולא שגרתית, ומשכך לא ניתן לבחון אותו בכלים המשפטיים הרגילים המצויים בידינו".
הליכוד הגיב "מצער שבג״צ התערב ופסל חוק חשוב להתיישבות ולעתידה. נפעל כדי לחוקק את החוק מחדש".
