דו"ח מבקר המדינה שפורסם היום עורר הדים נרחבים במערכת הביטחון, אך בצה"ל ובמשרד הביטחון לא נותרים חייבים ומפרסמים התייחסות מפורטת המציבה סימני שאלה סביב חלק מהקביעות. בצה"ל הגיבו בחריפות לנושא הרבש"צים וציינו כי "הביקורת מטילה אחריות על צה"ל בתחומים שאינם באחריותו או סמכותו על פי דין, כגון העסקת הקב"טים והרבש"צים שמבוצעת ע"י היישובים והרשויות המקומיות ובאחריות משרד הפנים".
בצבא מבהירים כי תפקידם מתמצה בהנחיה מקצועית והכשרה, וכי "צה"ל אינו אחראי להפעיל מבצעית את הקב"טים, בניגוד לרבש"צים אותם כן בסמכותו להפעיל, ולאשר מינוי בכתב מינוי מפקד גזרתי". בצה"ל אף הדגישו כי "טענת המבקר כי הרבש"צים אינם מבינים את תפקידם הופרכה ב-7 באוקטובר, שם הם הובילו את ההגנה על יישובי העוטף ופעלו בגבורה, באומץ ובהתאם להנחיות צה"ל".
במשרד הביטחון הצטרפו לקו הזה ופירטו את המהלכים לחיזוק המערך, תוך שהם מציינים כי המשרד פעל "להסדרת וחיזוק מעמד הרבש"צים ולשיפור בתנאיהם". המתווה שיושם כלל הסדרת עשרות תקנים, הקמת מוקד ייעודי, והעלאה משמעותית בשכר לצד "רכיבי מעטפת נוספים של מדים ייעודיים, תעודות רבש"צ הכוללות סמכויות בחוק, הדרכות והכשרות מקצועיות, רכש נשקים חדישים ואמצעי לחימה מתקדמים, מענקי מצוינות ומענקי לחימה, אירועי הוקרה וזיכרון".
סוגיה בוערת נוספת בדו"ח נגעה לעצמאות החימושית של ישראל. במשרד הביטחון מדגישים כי הנושא נמצא "בליבת אסטרטגיית משרד הביטחון ובראש סדר העדיפויות". על פי התגובה, המשרד מקדם כעת את תוכנית 'מגן ישראל' שאושרה על ידי ראש הממשלה ושר הביטחון, "בהיקף של 350 מיליארד ש"ח לעשור". המשרד מדווח על האצה דרמטית של מאות אחוזים בקצב הייצור והקמת תשתיות ב-20 עולמות תוכן קריטיים, תוך אזהרה כי "הממצאים ממחישים הלכה למעשה את הסכנות בתקצוב חסר שמסכן את היעד הלאומי להשגת עצמאות חימושית".
בצה"ל ביקשו להרגיע את הציבור בכל הנוגע למלאי התחמושת במהלך המלחמה, וציינו כי "יכולות הלחימה של צה"ל לא נפגעו ולא נגרם סיכון לחיי הלוחמים בשדה הקרב בשל מצאי תחמושת ואמל"ח". עם זאת, הצבא מבהיר כי האחריות על הייצור היא של משרד הביטחון: "צה"ל ממפה ומתעדף בלבד את הצורך המבצעי באמל"ח כנדרש, אך נאסר עליו להתערב בהחלטות הללו לרבות הטיה לבחירת אמל"ח כחול- לבן".
גם בנושא משק הדם הלאומי, צה"ל מבהיר כי פיקוד העורף אינו הגוף האחראי על הגדרת אתרי התרמה, וכי "על פי הערכת המצב אין צורך בכ-145 אתרים שיפעלו בחירום", אלא ב-25 אתרים קיימים בהם הושלם ההליך הנדרש. בסיכום הדברים, בצה"ל ובמשרד הביטחון מביעים הוקרה עמוקה לאנשי המערך הלוחם ביישובים ומדגישים כי "גם כיום צה"ל ומערך הגנת היישוב פועלים לילות כימים, להגנה על בטחון אזרחי מדינת ישראל".
