המשבר סביב חוק יסוד: לימוד תורה הגיע לסיומו לאחר מגעים בין הליכוד למפלגות החרדיות. שעות לאחר שש"ס ודגל התורה הבהירו כי הן מתנגדות לכל שינוי במהות החוק, הודיעה לשכת יו"ר הקואליציה אופיר כץ כי הושג סיכום בין הצדדים, שלפיו סעיף 2 להצעת החוק, העוסק ב"מאזני צדק" בין ערכים חוקתיים, יימחק מהנוסח.
הרקע למחלוקת היה דרישת הליכוד להוסיף להצעת החוק סעיף נוסף, שנועד לקבוע כי ההכרה בלימוד התורה כערך יסוד אינה גוברת באופן אוטומטי על ערכי יסוד אחרים, וכי במקרה של התנגשות בין ערכים חוקתיים יידרש בית המשפט לערוך איזון ביניהם. במפלגות החרדיות ראו בכך שינוי מהותי של הצעת החוק המקורית, אשר לטענתן עלול לרוקן אותה מתוכנה המשפטי והערכי.
בהודעה המשותפת של ש"ס ודגל התורה נמסר: "לאחר שראש הממשלה והליכוד ביקשו להוסיף לחוק יסוד: לימוד תורה, סעיפים נוספים שלא היו חלק מהנוסח המקורי, הובהר באופן חד משמעי כי איננו מסכימים לשנות את מהותו של החוק. אם יש רצון לקדם סעיפים נוספים ניתן לעשות זאת במסגרת חקיקה אחרת, ולא במסגרת חוק יסוד: לימוד תורה."
עוד נמסר כי ההחלטה התקבלה "ובהוראת חכמי וגדולי התורה שליט"א", ולפיה "הוסכם כי החוק יכלול את הסעיף הראשון והמרכזי בלבד, הקובע כי לימוד התורה הוא ערך יסוד במורשת העם היהודי."
בסיום ההודעה הדגישו המפלגות החרדיות את מטרת החקיקה: "זהו לבו של החוק והעיקרון שלשמו הוגשה הצעת חוק היסוד מלכתחילה, לעגן בחוק יסוד את ההכרה במעמדו של לימוד התורה כערך יסוד במורשת העם היהודי ומדינת ישראל."
זמן קצר לאחר מכן הודיעה לשכת יו"ר הקואליציה אופיר כץ כי הושגו הסכמות עם המפלגות החרדיות, ובמסגרתן יימחק סעיף 2 מהצעת החוק. מדובר בסעיף שהיה אמור לקבוע כי אין בחוק כדי להעניק עדיפות ללימוד התורה על פני ערכי יסוד אחרים, וכי בכל מקרה של התנגשות בין ערכים ייערך "מאזן צדק" ביניהם. מחיקת הסעיף משמעותה שהצעת החוק תחזור למעשה לנוסח המקורי שהגישו המפלגות החרדיות.
הפשרה שהושגה מסירה לעת עתה את אחד ממוקדי המתיחות בין הליכוד לשותפותיו החרדיות, ומאפשרת את המשך קידום חוק יסוד: לימוד תורה בנוסח המצומצם, הכולל את הסעיף המרכזי בלבד המעגן את לימוד התורה כערך יסוד במורשת העם היהודי ובמדינת ישראל.
