דו"ח מבקר המדינה שפורסם ב-2008 בעניין קבר הרשב"י בהר מירון הזהיר ממצב התשתיות הירוד במקום ומכך שאין כתובת ברורה לאחריות על הילולת ל"ג בעומר. בדו"ח נכתב כי מתחם הקבר אינו ערוך כנדרש לקליטת עשרות ומאות אלפי האנשים הפוקדים אותו באירועים המוניים וכי "אין מקום לאפשר את המשך המצב הקיים". הדו"ח כלל חוות דעת שהעלו בעיות בנושאי הרישוי, תשתיות דרכים שאינן מספיקות, בינוי לא חוקי, בטיחות, מסחר, ניהול רישומים של תרומות ומעל הכל חוסר פיקוח ואכיפה מצד הרשויות בנושאים השונים.
בעקבות הדו"ח קיבלה הממשלה החלטה על תיקון הליקויים אך במרץ 2009 קבע המבקר כי "החלטת הממשלה לא יושמה". בדיקה שנעשתה בחודשים אוקטובר 2010 עד פברואר 2011 העלתה כי נעשו מעט מאוד שיפורים, בעיקר בהערכות לל"ג בעומר: הוקם מעבר תת קרקעי להולכי רגל המקל על מעבר מכוניות אך לא שופרו דרכי הגישה וההגעה על מנת לאפשר תנועה חופשית של כלי רכב לרבות רכבי הצלה לאירועים רבי משתתפים.
בנושא ניהול האירוע, בדו"ח משנת 2011 הזהיר מבקר המדינה כי לא הוטלה על גורם כלשהו האחריות לארגון אירועי ל"ג בעומר וכי לא יוחדה תשומת לב מספקת לאירועים רבים אחרים המתקיימים במקום במשך השנה. במשרד מבקר המדינה הכירו באירוע כארוע דתי, המתקיים מעצמו מידי שנה "ללא קשר עם מפיק זה או אחר", ומוסיפים, "אולם מאחר שהוא מתקיים מדי שנה בשנה ומתוכנן על ידי הגורמים האחראיים לפרטי פרטים, אין לראות בו אירוע ספונטני ויש להיערך אליו. על כן הגוף האחראי לאירוע זה, כמו לכלל העניינים הנוגעים לקבר רשב"י, הוא ועדת החמישה או גוף שהוסמך לכך".
בסוף 2013 הורתה הממשלה בהחלטה (להורדה לחצו כאן) על הקמת חברה ממשלתית לטיפול בהר והסמכויות הועברו לניהול החברה, שטח ההר והציון היה אמור לעבור שיפוץ מקיף ע"י החברה וכבר הופקדו תוכניות והדמיות, למרות זאת, המחלוקות על חלוקת סמכויותיה נמשכו ובפועל תוקנו רק חלק מהליקויים הבטיחותיים.
בתוכניות אשר הופקדו בטרם השיפוץ נכתב: כי במשך כל השנה, בעיקר בראשי חודש, בחגים ובשבתות מגיעים אלפי מבקרים למקום, לתפילה ולימוד. סה”כ מעל למיליון מבקרים בשנה. בשלושת הימים של ל”ג בעומר מגיעים כ- 500 אלף איש, דבר שגורם לצפיפות נוראית. כיום אין במקום שירותים מינימליים היכולים לספק את צרכי המבקרים. המצב במקום גובל בסכנת נפשות. בנוסף לכך קיימת בעיה קשה בבינוי. יש צורך בשמירה על הקיים ושחזור של המבנים הקיימים. היסודות של המבנה הקיים מקורם במאה ה- 16 לספירה. עוד נכתב כי ישנה סברה שקיימת מערה מתחת למבנה אשר איש לא בדק אותה מפאת קדושת המקום. על פי ממצאים ארכאולוגיים באזור היה ישוב קדום בן כ- 5000 שנה. המבנה החדש משתרע מעל לשטח מתחם הישוב הקדום. קיימות מערות קבורה רבות אשר מיקום חלקם לא ידוע.
על כן התכנון של המבנה החדש יושב בתוך שיפוע הר קיים על מנת להימנע מחפירות ופגיעה בקברים קיימים.
באתר קיים בית כנסת ואתר עתיקות. התכנון לקח בחשבון, קודם כול, פתרון לדרכי גישה ומילוט, תוספת שטחים לתפילה, לימוד וריקודים, כ-5000 מ”ר שטח מקורה וכ-15,000 מר מ”ר שטחים פתוחים. חשוב היה לתת מקום לטקסים מסורתיים אשר מתקיימים באופן קבוע במקום כגון “חלקה” ועוד. בנוסף לכך תוכננו מקוואות לטבילה ושירותים ציבוריים לקהל הרב המגיע למקום. כל המבנים והחללים הרבים תוכננו כבמה למבנה הקיים, תוך השתלבות בשיפוע הטבעי של ההר, על מנת להעצים את המבנה הקיים ולא לפגוע בחשיבותו. הסגנון האדריכלי הוא שילוב של אדריכלות עתיקה עם גישה מודרנית, המתאמים לדעתי למתחם ומהווים בסיס ורקע מתאים למבנה הקיים העתיק.
אולם כאמור השיפוץ התקבל בהתנגדות מצד גורמים קיצוניים ובעיות תקציביות נוספות וב-2016 בג"ץ ביטל סמכויותיה של החברה בעקבות עתירה של ארבעת ההקדשים שהאתר היה בחזקתם עד הפקעתו מידיהם בסוף 2013 על ידי הממשלה. סמכויות החברה הועברו למרכז לפיתוח המקומות הקדושים, שתחת המשרד לשירותי דת. בפברואר 2020 בג"ץ אישר הסדר לתקופה של שלוש שנים לניהול המתחם עם מעורבות מוגברת של המדינה דרך המרכז הארצי לפיתוח המקומות הקדושים. לפי ההסדר הזמני שנקבע בהליך גישור וקיים עד היום, ״ועדת החמישה״ הכוללת נציג מכל גוף הקדש ונציג המדינה, קיבלה אליה סמכויות להסדרת הפעילות במתחם במהלך השנה ו'המרכז הארצי למקומות הקדושים' קיבלה לידיה את האחריות להילולא.
