סוגיית השבויים והנעדרים היא סוגיה מורכבת המלווה את ישראל עשרות שנים. טיפול בסוגיה כולל בין השאר איסוף מידע, ניהול קשרים במישור הבין-לאומי לצורך השגת הסדרים להשבת השבויים והנעדרים וקיום קשר קבוע עם משפחותיהם, המצויות בתקופה קשה ביותר של משבר מתמשך. הטיפול בנושא השבויים והנעדרים מתנהל במשרד ראש הממשלה, ונמצא באחריות ישירה של ראש הממשלה. משרד רה"מ מנהל את פעולותיו בנושא השבויים והנעדרים גם באמצעות מתאם לנושא השבויים והנעדרים הפועל מטעם ראש הממשלה. מבקר המדינה בדק את נושא ההתקשרות וסדרי הפעלתו של מתאם השבויים והנעדרים.
בינואר 2012 הגישה ועדת שמגר לשר הביטחון דאז את המלצותיה בדבר השיקולים, העקרונות והתהליכים שנועדו להסדיר את דרכי הטיפול מטעם המדינה בשחרורם של שבויים ונעדרים.
המבקר מצא כי לא התקיימו דיונים נוספים של הממשלה, של הקבינט או של ועדת שרים אחרת בהמלצות ועדת שמגר, ולא התקבלו החלטות בנוגע להמלצות הוועדה. זאת, על אף הנחיית ראש הממשלה בשנת 2014 לקיים דיון נוסף בקבינט בהמלצות הוועדה ועל אף עמדת יו"ר ועדת המשנה למודיעין של ועדת החוץ והביטחון של הכנסת כי נדרשת מדיניות לאומית בנוגע לשבויים והנעדרים, ואין לקבל את העובדה שהמלצות דוח שמגר למעשה נזנחו, וכן עמדת מתאם השבויים והנעדרים כי יש צורך לקיים דיון בקבינט בהמלצות.
עוד מצא מבקר המדינה כי מתאם השבויים והנעדרים פעל במשך השנים בלי שמשרד רה"מ קבע בהסכם ההתקשרות עימו או בכל מסמך אחר את תוכן תפקידו, את תחומי אחריותו, את סמכויותיו ואת מסגרת הפעולה המפורטת שלו. כמו כן, משרד רה"מ לא קבע את ממשקי העבודה של מתאם השבויים והנעדרים עם גופי הביטחון השונים ואת האמצעים אשר יעמדו לרשותו לצורך ביצוע תפקידו, לרבות כוח האדם הנדרש לכך. ועדת שמגר הציעה מתכונת לניהול הטיפול בנושא השבויים והנעדרים. הממשלה לא קיבלה את הצעת הוועדה, אולם לא קבעה מתכונת אחרת לניהול הטיפול בנושא.
עוד עלה בדו"ח המבקר כי משרד רה"מ התקשר עם מתאם השבויים והנעדרים בלי שתכנן את הנדרש ממנו ואת התפוקות המצופות מעבודתו, לרבות תכנון גמיש בהתחשב בגורמי חוץ העשויים להשפיע על פעולותיו. בידי משרד רה"מ לא היה מידע מלא המאפשר לבחון באיזו מידה השיגה ההתקשרות את יעדיה. בתנאים אלה של חוסר בתכנון ובמידע כאמור אישרה ועדת היועצים של משרד רה"מ ארבע פעמים את הארכת ההתקשרות עם מתאם השבויים והנעדרים. גם משעלה הצורך לקבוע תוכנית עבודה ומדדים, החליטה הוועדה באוקטובר 2020 כי מאפייני ההתקשרות אינם מאפשרים זאת. ההחלטה התקבלה ללא בחינה של האפשרות לקבוע תוכנית ומדדים. זאת בעת שבמהלך שנת 2022 גובשה תוכנית עבודה.
ועדת שמגר הצביעה על הצורך בעיגון רשמי של מתכונת הקשר של מתאם השבויים והנעדרים עם משפחות השבויים והנעדרים. המבקר מצא כי משרד רה"מ פעל במשך השנים בנושא זה בלי שקבע את המתכונת לניהול הקשר עם המשפחות, והסתפק בקביעה כי המתאם יוזמן לכל מפגש של ראשי גופי הביטחון עם המשפחות. בפנייה של אחת ממשפחות השבויים והנעדרים למשרד מבקר המדינה הלינה המשפחה על תוכן פגישותיה עם מתאם השבויים והנעדרים ועל הדברים שהוא מסר לה. המשפחה הגדירה את הפגישות האלה "ריקות מתוכן" וכן ציינה כי המתאם לא הציג בפגישות האלה "מידע משמעותי" הנוגע לפעולות להשבת בן המשפחה.
בנוגע להסכם ההתקשרות והתגמול שניתן למתאם השבויים והנעדרים עבור עבודתו, מצא המבקר כי בשלוש מחמש תקופות ההתקשרות עם מתאם השבויים והנעדרים החלה תקופת ההתקשרות לפני שהתקבלו כל האישורים הנדרשים של ועדות היועצים והפטור, ובארבע פעמים החלה תקופת ההתקשרות לפני מועד החתימה על ההסכם עם המתאם.
מספר שעות העבודה השנתי של מתאם השבויים והנעדרים בארבע תקופות ההתקשרות הראשונות נע בין כ-1,900 לכ-2,200 שעות. תמורת עבודת המתאם שילם משרד רה"מ בסך הכול בארבע שנים וחצי (מדצמבר 2017 עד מאי 2022) כ-2.74 מיליון ש"ח (כולל מע"ם), ובממוצע לחודש – כ-50,000 ש"ח. התשלום החודשי הממוצע של משרד רה"מ למתאם בתקופה האמורה היה דומה לשכר החודשי של מנכ"ל משרד ממשלתי (לרבות הפרשות מעסיק) באותה תקופה. היקף שעות ההעסקה שאושרו למתאם השבויים והנעדרים – 2,160 שעות בשנה (180 שעות בחודש), קרוב להיקף השעות של עובד מדינה במשרה מלאה (182 שעות בחודש). המתאם דיווח על 165 שעות עבודה בממוצע לחודש, על 20 ימי עבודה בממוצע בחודש ועל שמונה שעות עבודה בממוצע ביום, פריסת שעות הדומה לזו של עובד מדינה במשרה מלאה.
בדו"ח עלה כי היקף העסקת מתאם השבויים והנעדרים במשך כחמש שנים אינו עולה בקנה אחד עם הנחיות נציבות שירות המדינה, ולפיהן המשרד המתקשר בחוזה עם יועץ נדרש לוודא שהיועץ לא יועסק לאורך זמן בהיקף שעות חודשי הקרוב להיקף ההעסקה של עובד מדינה. כמו כן, לא נעשתה בחינה של האחראי במשרד רה"מ ושל הייעוץ המשפטי של המשרד, כנדרש, בנוגע לשאלה אם יש בהתקשרות כדי להביא ליצירת יחסי עבודה. אשר ל-55 חודשי העבודה שעליהם דיווח המתאם למשרד רה"מ, בדיווחים על 30 מחודשים אלה (55%) הוא פירט את המטלות שבוצעו. משרד רה"מ שילם למתאם תמורת שעות עבודתו שצוינו בכלל הדיווחים.
המבקר אנגלמן: "מדינת ישראל מחויבת לשבויים ולנעדרים ולמשפחותיהם. ההקרבה שלהם עבור המדינה צריכה להעמיד אותם בראש סדר העדיפויות. זהו נושא של דיני נפשות. מדינת ישראל צריכה לפעול לשחרור הלוחמים והאזרחים הנמצאים בידי האויב, ועליה לפעול באופן הרגיש ביותר מול המשפחות. הדו"ח כולל ליקויים שדורשים תיקון מיידי ועל הממשלה להסדיר את פעילותו של מתאם השבויים והנעדרים"
