רבי יוסף שאול לא נמנה בין החסידים, עם זאת בהרבה מספריו נראה הערכתו הגדולה לתורת החסידות. מתשובותיו בהלכה נראה שהיה בקשר חזק עם גדולי החסידות בימיו: הדברי חיים מצאנז, בחידושי הרימ מגור, בעל האמרי נועם מדזיקוב ובניו.
מכתב שכתב הגאון רבי חיים סופר זי"ע, מחבר ספר מחנה חיים, להגה"ק רבי יוסף שאול נאטנזאהן זי"ע. רבי חיים סופר היה לוחם מלחמת ה' בגבורה ללא פחד, ואילו רבי יוסף שאול הרביץ תורה בישראל בספריו הקדושים. כותב לו רבי חיים סופר בתקיפות, שאם ימשיך ללמוד תורה ולא יצא ללחום מלחמות ה', בסוף לא יהיה מי שילמד בספריו ח"ו, ולכן עדיף שתסגור את הגמרא לכמה שבועות ותבוא ללחום מלחמות ה'.
רבי יוסף שאול השיב לו, וטען שגם בדורות קודמים העמיד ה' יתברך כמה סוגים של צדיקים, חלק מהם תפקידם ללחום נגד הפושעים המתחדשים, וחלק יושבים ולומדים תורה ובזה הם לוחמים בפושעים.
פעם החזון איש אמר שהשואל ומשיב השיג את מדרגתו ע"י שעבר חמישים פעמים על הש"ס.
חז"ל אומרים ששבת הוא "יומא דאורייתא", ולכך הרבה תלמידי חכמים עסקו כל השבת בתורה, ורבי יוסף שאול בעל שואל ומשיב, היה לומד בכל שבת את כל מסכת שבת ועירובין.
