הכוונה להקים גוף חדש במטה הכללי שירכז את הטיפול באיראן. אחת האפשרויות שנבחנות היא להסב את מפקדת העומק למטרה הזאת.
מאז כניסתו לתפקיד, אפיין הרמטכ"ל אביב כוכבי את איראן כאתגר העיקרי של צה"ל. אמנם גם קודמיו, גדי איזנקוט ובני גנץ, מיקדו את הפעילות הביטחונית (בעיקר החשאית) באיראן, אולם כוכבי סבור שהבעיה האיראנית צפויה להחריף בשנים הקרובות, והיא תחייב את ישראל למענה שונה מבעבר.
כחלק מכך, מוביל הרמטכ"ל מהלך להקמת מפקדה ייעודית במטה הכללי לעניין האיראני. מדובר במהלך שנוי במחלוקת, משום שהוא צפוי לשאוב סמכויות ואמצעים משני הגופים שמובילים כיום את המאבק באיום האיראני – חיל האוויר ואגף המודיעין. במסגרת התוכנית שוקל כוכבי להסב את מפקדת העומק ל"מפקדת איראן".
מפקדת העומק הוקמה בתקופתו של בני גנץ, על מנת שתוביל מבצעים ארוכי טווח בעומק האסטרטגי שנמצא מחוץ למרחב הגיאוגרפי של הפיקודים המרחביים. עיקר פעילותה של המפקדה ותוכניותיה האופרטיביות הן בזירה הצפונית, שבה הפכה איראן לדומיננטית מאוד בשנים האחרונות. גם המהלך הזה של כוכבי נתקל בלא מעט הסתייגויות בתוך צה"ל ומחוצה לו.
הביקורת מתמקדת לא רק בבעיית הסמכויות הפנימית בצבא, שטרם הובררה, אלא גם בכוונה להקים מפקדה ייעודית לסוגיה ספציפית – עניין שצה"ל נמנע ממנו בעבר.
בכירים בצה"ל מסרו שהנושא טרם הוכרע, אם כי רעיון הקמת המפקדה כבר אושר עקרונית בידי שר הביטחון.
