בעקבות הפרות של היתר פליטה ושל חוק אוויר נקי, המשרד להגנת הסביבה הוציא צו מנהלי לנשר מפעלי מלט ישראליים, המורה על מניעה או צמצום של זיהום אוויר לפי סעיף 45 לחוק אוויר נקי.
המפעל ממוקם באזור התעשיה ברמלה ומייצר מלט ומחזיק בהיתר פליטה. ב-18 ביולי 2023 ערך המשרד להגנת הסביבה שימוע במשרדי מחוז מרכז למנהלי המפעל בגין הפרות שונות. הפרות אלו כוללות, בין היתר, פליטות בלתי מוקדיות וחריגות מערכי הפליטה הקבועים בהיתר עבור חלקיקים בארובות. כמו-כן, נמצא כי במספר אירועים החברה לא מסרה למשרד נתונים על אודות ליקויים, תקלות ופליטות חריגות, כמתחייב מכוח היתר הפליטה של המפעל.
בעקבות השימוע שערך המשרד למפעל נשר, הוחלט על הוצאת צו מנהלי על פי סעיף 45 מכוח אוויר נקי לצורך מניעה או צמצום של זיהום האוויר. במסגרת הצו, הורה המשרד להגנת הסביבה למפעל נשר להפסיק את כלל הפעולות הגורמות לזיהום אוויר מהמפעל ולפעול בכל האמצעים הדרושים למניעתו או לצמצמו של זיהום האוויר שעלול להיגרם. המשרד ימשיך לעקוב אחרי ביצוע דרישותיו.
בחודש אוגוסט 2022 הטיל המשרד להגנת הסביבה עיצום כספי בסך 6 מיליון שקל על חברת נשר – מפעלי מלט ישראליים מרמלה, בגין חריגות מערכי הפליטה וזיהום אוויר. המשרד להגנת הסביבה הטיל את העיצום הכספי לאחר שבדיגומי פתע שקיים בארובות המפעל נמצאו חריגות מהערך הקבוע של מזהם חלקיקים בהיתר הפליטה. נוסף על כך, במהלך שנת 2019 נתגלו בכמה מקרים חריגות מהערך הקבוע למזהמי כספית ותרכובותיה במערכות הניטור הרציף של המפעל המופעלות לדרישת המשרד.