סנגוריו של מיקי גנור, עורכי הדין רווית צמח ועמית ניר, הגישו לבית המשפט את הטיעונים במסגרת משפט הזוטא בה תיבחן קבילות ההודאות של גנור, כמו גם את טענתם כי הסכם עד המדינה עם גנור נעשה ברמאות, כך פרסם אברהם בלוך במעריב.
צמח וניר פתחו במילים: "אנו נציג במשפט הזוטא כיצד נקטו החוקרים מסכת של שיטות ואמצעים פסולים ששללו את רצונו הטוב והחופשי של גנור ופגעו פגיעה אנושה בזכויותיו היסודיות כנחקר ובזכותו להליך הוגן, והכול כדי להפליל את ראש הממשלה במישרין או באמצעות עוה"יד דוד שמרון ויצחק מולכו, דוד שרן ואחרים. גם לוחות הזמנים הקשורים לחתימתו של הסכם עד המדינה מאששים תוצאה עגומה זו".
בטיעוני משפט הזוטא נכתב: "חקירת גנור הייתה חלק ממאמץ חקירתי מובהק לאתר ראיות שיביאו להפללתו של ראש הממשלה בנימין נתניהו וסביבתו הקרובה. לפיכך כלל החקירה, ובייחוד חקירת גנור כחשוד, טעונה הייתה הסכמת יועץ משפטי לממשלה, שכן נדרש ממנו מאת חוקריו, מראשיתה של החקירה, במהלכה ועד סופה, לסבך ולהפליל את בנימין נתניהו, ראש הממשלה, בין במישרין ובין בעקיפין באמצעות סביבתו הקרובה בקשר לרכש הצוללות וכלי השיט וכן בקשר לאישור מדינת ישראל לגרמניה למכור צוללות למצרים, וכן באמצעות מעורבים אחרים".
כזכור, עורכי דינו של גנור טוענים כי הפרקליטות הודתה בפני בית המשפט כי לא היה אישור של היועץ המשפטי לממשלה לפתוח בחקירה נגד ראש הממשלה נתניהו בתיק 3000.