בעוד המחלוקת סביב עריכת הביקורת תוך כדי המלחמה נמשכת, במשרד מבקר המדינה ממשיכים לערוך אותה בכוונה לסיימה תוך חודשים בודדים. במסגרת הביקורת על מחדלי 7 באוקטובר, נציגי מבקר המדינה הגיעו למחוז הדרומי של המשטרה ונפגשו בין השאר עם מפקד המחוז, שלחם ונפצע בעצמו. כך פורסם הערב (רביעי) בחדשות הערב בכאן 11. הביקורת בעניין המחוז מתמקדת בבדיקת המסיבה ברעים – משלב ההיתכנות והאירועים ועד האירוע עצמו, וכן מה שקרה באופקים ובשדרות..
בשבוע שעבר, דווח בחדשות שישי בכאן 11 כי מבקר המדינה, מתניהו אנגלמן, מתכוון לחקור גם את שב"כ ואת המשטרה במסגרת חקירת המלחמה והאירועים שקדמו ל-7 באוקטובר. משרד המבקר ביקש מהיועץ המשפטי של המשטרה לאסוף מסמכים בנושא התנהלות המשטרה, כולל גיוס מילואים, הפעלת כוחות ואמצעים, ולהגיש אותו. גם שב"כ קיבל הנחיה דומה, והארגון מנהל שיח עם משרד המבקר בנושא.
גורמים צבאיים וביטחוניים מתחו ביקורת על ההחלטה וטענו כי תהליך ביקורת כזה באמצע מלחמה עלול להשפיע על שלמות התחקיר המבצעי. לדבריהם, יש לקיים אותו רק לאחר המלחמה – כפי שנעשה אחרי מלחמת לבנון השנייה ואירועי המשט לעזה. החלטה כזו, אומרים גורמים משפטיים צבאיים, היא בלתי מקצועית ועלולה להוביל למסקנות מוטות ומוטעות.
גם הרמטכ"ל הרצי הלוי הגיב בשבוע שעבר לכוונת מבקר המדינה להקים ועדת הבדיקה המטכלית לבדיקת המלחמה והאירועים שקדמו ל-7 באוקטובר. "היא תסיט קשב מהמפקדים ללחימה, היא תפגע ביכולת התחקור המבצעית ואיכותו ולא תאפשר הפקת לקחים הכרחית לשם השגת יעדי המלחמה".