הפרקליטה הצבאית הראשית, האלופה יפעת תומר ירושלמי, הנחתה את מנגנון התחקור המטכ״לי לתחקר את התקיפה ברפיח.
אמש (א') כלי טיס תקף יעדי טרור משמעותיים ברפיח, בהם בכירים במטה הגדה של ארגון הטרור חמאס, שהכווינו פיגועים של פעילי חמאס ביהודה ושומרון וביצעו פיגועים רצחניים כנגד אזרחי מדינת ישראל. התקיפה התבצעה על בסיס מידע מודיעיני מקדים על המצאותם של המחבלים במקום.
טרם התקיפה ננקטו צעדים רבים על מנת לצמצם את הסיכוי לפגיעה בבלתי מעורבים, הכוללים בדיקת חוזי מהאוויר, שימוש בחימוש מדויק ומידע מודיעיני נוסף, שעל בסיסם הוערך כי לא צפוי היה להיגרם נזק לאזרחים בלתי מעורבים. כמו כן, התקיפה לא בוצעה במרחב ההומניטרי באל מוואסי, אליו צה"ל קרא לאוכלוסייה להתפנות.
בסופו של דבר, התקיפה הביאה לחיסולם של בכירים בארגוני הטרור, אולם זמן קצר לאחר מכן טענו הפלסטינים לשריפות ענק שהביאו לנפגעים בהם הרוגים רבים.
בחמאס השמיעו טענות על כך שהתקיפה בוצעה באמצעות שבעה חימושים במשקל טון, אולם מדובר בשקר גס שכן התקיפה בוצעה באמצעות שני חימושים בעלי ראש קרב מוקטן המותאמים לתקיפה מטרות מסוג זה.
כאמור, בעקבות החלטת הפרקליטה הראשית, האירוע מתוחקר על ידי מנגנון התחקור המטכ״לי, גוף עצמאי שאחראי על בחינת אירועים חריגים בלחימה. "המנגנון מתחקר את הנסיבות למותם של אזרחים במרחב התקיפה. צה״ל מצר על כל פגיעה בבלתי מעורבים במסגרת הלחימה" נמסר מצה"ל.
