השר עמיחי אליהו התייחס בחריפות לסוגיות שונות, ובראשן תפקוד החטיבה היהודית בשב"כ.
בראיון לרדיו "קול ברמה" קרא השר אליהו לפיטוריו של ראש החטיבה היהודית ולסגירתה המוחלטת. "צריכים לפטר את ראש החטיבה היהודית בשב"כ ולסגור אותה. לא מחליפים קפלניסט בקפלניסט אחר, כעסתי והערתי על כך שאנו ממנים אנשים שחותרים תחתינו", הצהיר השר.
בנוגע לפרשת "קטאר גייט", השר אליהו הביע זלזול כלפי הטענות העולות ואמר: "כל שבועיים הם ממציאים סיפור אחר, אני לא מאמין להם. 30 שנה אנו שומעים את אנשי הפרקליטות והמשטרה עם סיפורים מפוברקים. יש לנו הרבה מה לתקן".
בנוסף, התייחס השר לזימון שלו לחקירה ואמר כי אין בכוונתו להגיע. "אני לא מפחד מהם ואני לא מתכוון להגיע לחקירה. ברור שהם (השב"כ ומערכת המשפט) בהיסטריה, ההקלטה מאתמול מצביעה על כך שאין שוויון ואין דמוקרטיה, מדובר בחבורה ששומרת על השלטון שלה בכח. יש בשב"כ דברים טובים אבל עליהם מתלבשת לצערנו פוליטיקה".