מאז פתיחת המערכה מול איראן, פועל צה"ל במתכונת חשאית שכוללת הפעלת תוכנית מגירה ייחודית – "מטכ"ל הצללים". גוף פיקודי סודי זה הוקם מתוך הבנה כי בעימות רב-זירתי מול איראן, חיזבאללה ושאר שלוחות הציר, קיימת סכנה ממשית לפגיעה בצמרת הצבא.
על פי המידע שפורסם בערוץ i24news "מטכ"ל הצללים" מוצב במתחם מסווג ומאובטח היטב, הרחק ממוקדי הפיקוד הקבועים. הוא פועל במנותק מהרמטכ"ל אייל זמיר, מפקד חיל האוויר תומר בר, ראש אמ"ן שלומי בינדר, ראש אגף המבצעים איציק כהן ושאר אלופי המטה הכללי.
"מטכ"ל הצללים" כולל כוח פיקודי חלופי, בראשו עומד סגן הרמטכ"ל, אלוף תמיר ידעי. לצידו, מורכבת היחידה מקבוצת אלופים ותתי-אלופים במילואים, אשר עברו הכשרה ייעודית מבעוד מועד. כוח זה נמצא בקשר ישיר ורציף עם כלל מוקדי הלחימה והמערכת הביטחונית.
מטרת התוכנית היא להבטיח שמירה על רציפות פיקוד בכל תרחיש, ובפרט במקרה של פגיעה פיזית בצמרת הצבא, או פגיעה במפקדות ובתקשורת.