צה"ל נערך באופן מקיף ומדוקדק לקליטת החטופים והשבים, תוך מתן דגש על רגישות, פרטיות ומענה לכל צורך – החל מהשבים עצמם ועד לליווי צמוד של משפחותיהם. ההיערכות חילקה את המשימות בין אגף כוח האדם (אכ"א), אגף הטכנולוגיה והלוגיסטיקה (אט"ל) וחיל הרבנות הצבאית.
באגף כוח האדם עומדים קציני הקשר לצד משפחות החטופים באופן צמוד לאורך כל התהליך. הקצינים עברו הכשרה מקצועית מיוחדת לקראת ימים אלו, במטרה להתמודד גם עם תרחישי חוסר הוודאות והנורא מכל בקרב משפחות החללים.
הליווי הצמוד של קציני הקשר נמשך גם לאחר השחרור, כאשר השבים ומשפחותיהם מקבלים מענה לכל צורכיהם. חיילים ששבו מהשבי ילוו בתחילה על ידי קציני השלישות שלהם, ובהמשך על ידי חטיבת הנפגעים של אכ"א.
קצינות הת"ש דאגו למגוון רחב של אפשרויות ביגוד, כדי להעניק לשבים תחושה ביתית ונוחה ככל האפשר. בנוסף, נרכשו פריטים קטנים הקשורים לתחביבים של השבים, מתוך מחשבה על כל הפרטים הקטנים. לכל תקופת האשפוז, שוריינו בתי מלון קרובים לבתי החולים עבור המשפחות, עם מארזי כיבוד קל וטואלטיקה.
בנוסף, חיל המשטרה הצבאית פעל לאבטחת המתחם ולניהול נקודת הקליטה הקדמית.
הרבנות הצבאית נערכה לטפל בזיהוי מדויק ומהיר ככל הניתן של חללי צה"ל החטופים. חיל הרבנות מחזיק ביכולות מתקדמות בתחום זיהוי חללים, כדי לבצע את המשימה ברגישות המרבית ולהבטיח את הבאתם של חללי צה"ל החטופים לקבר ישראל בכבוד.
אגף הטכנולוגיה והלוגיסטיקה שיפץ והרחיב את המתחם בבסיס רעים, שהותאם לכמות השבים בפעימה הנוכחית. המתחם נועד לשהייה ורענון של השבים ובני משפחותיהם טרם העברה לבתי החולים.
ניתן דגש על מעבר הדרגתי מהשבי למפגש עם המשפחות, שמירה על פרטיות השבים ומתן חופש בחירה (מזון, היגיינה, לבוש). לכל שב המתין חדר פרטי עם מיטה, מקלחת ושירותים. לפני הגעת השבים נאסף רקע רפואי קיים. עם הגעתם, נערכה בדיקה ראשונית שקבעה את בית החולים ואמצעי ההגעה (מסוק/אמבולנס), והמידע הועבר מיידית לבתי החולים.
צוותי הרפואה כללו רופאים מומחים לתרחישים שונים, אחים ופרמדיקים. קצינות בריאות הנפש פגשו את השבים עם חזרתם ומלוות אותם (בהתאם לרצונם) במשך 48 השעות הראשונות בתהליך ההסתגלות. חיילי צה"ל ששבו ילוו באופן הדוק על ידי רופאות משפחה של חיל הרפואה, נציגות ר"מ 2, ויקבלו מענה בבריאות הנפש מצוות היחידה לתגובות קרב, ככל שיחפצו.
