לאחר שעות מאז האישור בישראל, הרשויות באיראן שברו הלילה שתיקה ואישרו רשמית כי המנהיג העליון, עלי חמינאי, נהרג בתקיפה המשולבת יחד עם ארה"ב.
בהודעה רשמית ויוצאת דופן שפורסמה בכלי התקשורת הממסדיים בטהרן, נמסר כי "המנהיג העליון של הרפובליקה האסלאמית מת בקדושה. אנחנו מכריזים כי האייתולה חמינאי, המנהיג העליון של הרפובליקה האסלאמית, נהרג בהתקפה משולבת של אמריקה הפושעת והמשטר הציוני, בבוקר, אמש".
למרות הדיווחים המוקדמים על הימלטותו לבונקר, האיראנים הודו כי בעת חיסולו, שהה חמינאי בארמונו. "חמינאי ביצע את מחויבותיו והיה נוכח במקום עבודתו. המתקפה הפחדנית התרחשה בשעות הבוקר המוקדמות. תקשורת המזוהה עם המשטר הציוני טענה כי בעקבות חשש מחיסול, מנהיג המהפכה גר במקום בטוח וסודי. לכתו במקום עבדותו שוב הוכיחה כי הטענות הללו לא נכונות וכי מדובר בלוחמה פסיכולוגית של האויב".
גורם ישראלי רשמי הוסיף כי גופתו של חמינאי אותרה בשטח המופצץ, במסגרת מכת הפתיחה של מבצע "שאגת הארי". במקביל לאישור האיראני, בירושלים ובמערב חושפים את עוצמת הפגיעה בצמרת המשטר. דובר צה"ל, תא"ל אפי דפרין, מסר הצהרה דרמטית בה אישר כי לצד חמינאי חוסלו דמויות המפתח של מערכת הביטחון האיראנית: מזכיר "מועצת ההגנה" עלי שמח'אני, מפקד משמרות המהפכה מוחמד פ'אכפ'ור, ראש אגף המודיעין צלאח אסדי, ראש הלשכה הצבאית מוחמד שיראזי ושר ההגנה עזיז נציר-זאדה.
בעוד שבאיראן הוכרזו 40 ימי אבל לאומי, המדינה נכנסת לתקופת אי-ודאות שלטונית. את תפקידו של חמינאי ימלאו זמנית נשיא איראן מחמוד פזשכיאן, ששרד ניסיון חיסול בתקיפות הראשונות, יחד עם ראש הרשות השופטת ע'ולאם-חוסיין מוחסני אג'אי ושופט ממועצת שומרי החוקה.
