מבצע "שאגת הארי" מעמיק אל מתחת לפני השטח: דובר צה"ל מעדכן הבוקר (חמישי) כי חיל האוויר השלים גל תקיפות נרחב בטהרן, שכוון ישירות נגד "קודש הקודשים" של מערך הטילים האיראני – אתרי האחסון התת-קרקעיים והאסטרטגיים של המשטר
במהלך הלילה, מטוסי חיל האוויר, בהכוונת אמ"ן, תקפו והשמידו אתרי אחסון טילים מעל ומתחת לקרקע. אחת המטרות המרכזיות הייתה בונקר תת-קרקעי מבוצר בטהרן ששימש לאחסון טילים בליסטיים ארוכי טווח. בנוסף, הושמדו אתרי אחסון של טילים המיועדים לפגיעה בכלי טיס (נ"מ), במטרה להבטיח את המשך חופש הפעולה המוחלט של צה"ל בשמי איראן.
במהלך הפעילות נרשם רגע דרמטי במיוחד: טייס קרב של חיל האוויר זיהה באמצעות מערכות התצפית המתקדמות חוליית חיילים איראנים המפעילה משגר טעון, שעמד לשגר טילים לעבר מטוסי חיל האוויר. בתוך שניות בוצעה "סגירת מעגל" מהירה – המטוס תקף את המשגר ואת החיילים, ובכך סיכל פגיעה בכוחותינו.