אחרי הסערה בימין: ראש הממשלה בנימין נתניהו התערב ואישר את מינויו של יהודה אליהו לממלא מקום מנכ"ל רשות מקרקעי ישראל, כך נמסר מהליכוד. לפי ההודעה, אליהו ימשיך בעבודתו הלאומית בגליל ובנגב ולא יפוטר.
ההחלטה מגיעה לאחר ששר הבינוי והשיכון חיים כץ זימן את אליהו לשימוע לפני פיטורים. לפי הודעת השר, הרקע למהלך הוא טענות הנוגעות להתנהלותו של אליהו בניהול הרשות.
כץ הבהיר בעקבות הפרסומים כי "אין שחר לטענות על הזמנתו לשימוע לפני פיטורין של יהודה אליהו וקשר כלשהו למינויים שהתבקש לבצע. אלא מדובר בטענות קשות של חוסר ניהול חמור של רמ"י שהגיעו לשולחני שאיני יכול לקבל, שעניינן בין היתר יחסי אנוש לקויים והדרת נשים, המעלות חשש ממשי באשר להתאמתו לניהול הרשות. זאת לצד, חוסר שיתוף פעולה מצידו בנושא הרחבת והתאמת הזכויות והזכאויות של משרתי הקבע ומשפחותיהם.
"מכלול הדברים ייבחן במסגרת השימוע, שייערך בלב פתוח ובנפש חפצה ובהתאם לכללי המינהל התקין. "ככל שלא נגיע לעמק השווה אפעל למנות ממלא מקום שיקדם את ההתיישבות היהודית בנגב והגליל, נושא לאומי שנמצא אצלי בראש סדר העדיפויות, הזדמנות להזכיר למי ששכח שהייתי ממובילי המרד נגד ההתנתקות, אך יחד עם זאת נדרש מנהל שידע לבצע רפורמות חיוניות במצבת כוח האדם ובשירות לאזרח".
המהלך נגד אליהו עורר ביקורת בקרב גורמים בימין ובתוך הליכוד, שראו בו דמות מרכזית בקידום מדיניות ההתיישבות והקרקעות. פעילים ואישי ציבור טענו כי הדחתו תהיה בלתי מוצדקת ואף הזהירו כי מדובר מבחינתם ב"קו אדום".
אליהו מכהן כממלא מקום מנהל רשות מקרקעי ישראל לאחר שבחודש יולי פסל בג"ץ את מינויו הקבוע לתפקיד, אך אפשר את המשך כהונתו הזמנית בהתאם להחלטת שר הבינוי והשיכון דאז.
המשך כהונתו של אליהו מקבל משמעות ציבורית במיוחד בציונות הדתית, בין היתר בשל תפקידה המרכזי של רשות מקרקעי ישראל בניהול הקרקעות ובקבלת החלטות הנוגעות להתיישבות בנגב ובגליל.
