העימות בין ראש הממשלה בנימין נתניהו לרמטכ״ל אייל זמיר הגיע לשיאו ביממה האחרונה, על רקע מחלוקת סביב היערכות צה״ל מול איראן בימים שלפני הבחירות. במוקד הדיון עמדה השאלה אם לבצע הכנות פנימיות שעלולות, לפי החשש שהציג הרמטכ״ל, להוביל למיסקלקולציה מול טהראן.
כפי שנחשף בחדשות 12, מפי שלושה מקורות המעורים בפרטים מסרו כי המחלוקת לא נסבה על התקיפה עצמה באיראן, אלא על מהלכים פנימיים בצה״ל שנשקלו לקראתה.
על פי המקורות, ההכנות שנדונו היו דומות לאלו שבוצעו לפני העימותים הקודמים מול איראן. הרמטכ״ל התנגד לביצוען ערב הבחירות, בעוד שראשי מערכת ביטחון נוספים תמכו בעמדת ראש הממשלה.
בין התומכים בעמדת נתניהו היו ראש המוסד רומן גופמן, שאמר ש"הזמן לא עובד לטובתנו", ראש הוועדה לאנרגיה אטומית משה אדרי, שר הביטחון ישראל כ״ץ וראש השב״כ דוד זיני.
בדיון שבו התעמתו נתניהו וזמיר השתתפו גם מפקד חיל האוויר, האלוף עומר טישלר, וראש אמ״ן שלומי בינדר. בעוד גורמים מדיניים טענו כי השניים תמכו בעמדת ראש הממשלה בנוגע לפעולה נגד איראן, גורמים אחרים במערכת הביטחון טענו כי הם דווקא גיבו את הרמטכ״ל בסוגיה הרגישה.
גורמים צבאיים ומדיניים ששוחחו עם חדשות 12 הבהירו כי המהלכים שנדרשו בצה״ל לבצע היו עלולים להביא לדחיית הבחירות. אחד הגורמים הצבאיים הדגיש את הסיכון שבחשיפת המהלך ואמר: "אין תסריט כזה שאירוע כמו זה לא יוצא החוצה. כל העולם היה יודע".
עוד דווח בחדשות 12 מפי מקורות שמכירים את מערכת היחסים בין הרמטכ"ל אייל זמיר לבין ראש הממשלה נתניהו, כי במידה ולאחר הבחירות נתניהו יקבל פעם נוספת את המנדט להרכבת הממשלה הבאה, נתניהו יפטר את הרמטכ"ל זמיר. מלשכת ראש הממשלה נמסר בתגובה לפרסום: "פייק ניוז מוחלט מתחילתו ועד סופו".