אוגדה 98 השלימה את משימתה בפיקוד על החטיבות המרחביות יהודה ועציון, לאחר תקופה שבה הובילה מאות פעולות מבצעיות לסיכול טרור ברחבי יהודה ושומרון. במהלך הפעילות נעצרו יותר מ-140 חשודים ואותרו כ-35 כלי נשק. כעת האוגדה חוזרת לתפקידה כעתודה מטכ"לית.
האוגדה הופעלה ב-25 בספטמבר במטרה לחזק את יכולות הפיקוד, השליטה, ההגנה וההתקפה במרחב יהודה ושומרון. במהלך תקופת הפעילות שילבה מפקדת האוגדה את הניסיון המבצעי שנצבר בלחימה בכלל הגזרות בשנים האחרונות, תוך התאמת לקחים מהתמרון ברצועת עזה ובלבנון.
תחת פיקוד אוגדה 98 ביצעו החטיבות המרחביות יהודה ועציון יותר מ-1,500 פעילויות לסיכול טרור. במסגרת הפעילות נעצרו למעלה מ-140 חשודים ואותרו כ-35 כלי נשק, כחלק מהמאמץ למנוע פיגועים ולאפשר את המשך שגרת החיים של התושבים.
במהלך הפעילות בחטיבת יהודה נפלו בהיתקלות שני לוחמי צה"ל, סמ"ר רון יונתן רויטמן הי"ד וסמל יובל שי סוילם הי"ד. לפי צה"ל, הלוחמים מנעו בנפילתם פיגוע חמור נגד אזרחי ישראל.
במקביל לפעילות המבצעית, התאפשר ביקורם הבטוח של מאות אלפי אזרחים במערת המכפלה במהלך חול המועד סוכות ובסוף השבוע האחרון, במסגרת שבת 'חיי שרה'. האבטחה במקום התבצעה תוך שיתוף פעולה הדוק בין הארגונים השונים.
במהלך התקופה התקיים גם שיתוף פעולה בין אוגדה 98 לאוגדת יהודה ושומרון, שכלל תהליכי למידה מבצעית הדדית ותרגילים משותפים, במטרה לחזק את המענה המבצעי בגזרה. מדובר צה"ל נמסר: "אוגדה 98 תהווה מעתה עתודה מטכ"לית ותעסוק בחיזוק מוכנותה לתרחישים נוספים".