המבקר במנהרות הכותל, נתקל בצד הצפוני בשער אטום. השער מוביל להר הבית והוא אחד מארבעה שערים שהיו בכותל המערבי בימי בית שני. שער זה מכונהם בשם 'שער וורן' על שם החוקר הארכיאולוג הבריטי סיר וורן, שחקר את הר הבית.
כפי הידוע מאחורי השער האטום בנויה מבואה ארוכה וחלל בגובה של 10 מטר. המבואה מובילה אל מדרגות שבהם היו עולים ממפלס הרחוב אל רחבת ההר.
אחרי כיבוש הצלבנים הם אטמו את השער והפכו את המבואה לבור מי גשם. וורן מנה את הבור מס' 30 מתוך רשימה של 34 בורות מים בהר וסביבותיו.
הרב זלמן קורן מגדולי החוקרים של הר הבית ומקום המקדש וגם ארכיאולוגים שונים, סבורים שבתקופת הגאונים שימשה המבואה כבית הכנסת מרכזי בירושלים בשל הקרבה למקום קודש הקדשים. ומזהים את מערת השער עם בית הכנסת המכונה במקורות התקופה: 'המערה', כאשר בתקופה זו הכניסה לבית הכנסת עוד פנתה לרחוב, ובית הכנסת נקרא 'מערה' כנראה על שם שהיה שקוע בפנים הר הבית.
בית כנסת זה שימש את יהודי ירושלים במשך כ-400 שנה עד לכיבוש ירושלים בידי הצלבנים.
החוקרים מתבססים בקביעתם על מכתבים מ"הגניזה הקהירית" [נמצאו לפני כ־120 שנה בעליית גג בבית הכנסת העתיק "בן עזרא" בקהיר] שבהן מוזכרים "המערה" ו"שער המערה". חלק מהן מכתבי בקשה של יהודי ירושלים מיהודי מצרים לסייע להם כספית בשיקום בית הכנסת המערה שחרב ברעידת האדמה הגדולה שהתרחשה בירושלים בשנת 1033. האיגרת המרכזית מהגניזה הקהירית, שכבר נחשפה ונחקרה, שמורה כיום באוניברסיטת קיימברידג'.
היא נשלחה ב־1035 על ידי שלמה בן יהודה, ראש ישיבת ירושלים, ל"רבי אפרים החבר בסנהדרי גדולה" שבקהיר ובו ביקש סיוע בשיפוץ המערה, שהתמוטטה ברעש האדמה הגדול שפקד את העיר שנתיים קודם, ופגע גם בכותל המערבי. ראש הישיבה כותב באיגרת שהוא זקוק ל־62 קורות עץ ול־600 נסרים.
בית הכנסת נזכר, גם במגילת אחימעץ (מגילה שחיבר אחימעץ בן פלטיאל באיטליה בשנת 1054) מסופר שם על רבי שמואל בן פלטיאל התורם "שמן למקדש בכותל מערבי למזבח שבפנים".
כאשר נכנסו הצלבנים לירושלים הם רצחו באכזריות את תושבי העיר היהודים, טבח אכזרי במיוחד נערך בתוך הר הבית בתחילת חודש אב באותה שנה, יהודי ירושלים ברחו אל בית הכנסת, והצלבנים שרפו אותם חיים בתוכו. הציתו באש את בית הכנסת וכל היהודים שנמלטו אליו. וכך מתאר חייל צלבני מאז: "מה אירע במקדש שלמה? אם אספר לכם את האמת לא תאמינו לי. מספיק לומר כי במקדש שלמה אנשים רכבו על סוסים ודם מגיע עד לברכיים ועד למושכות". ככל הנראה הצלבנים הם אלו אשר סתמו את השער, והפכו את חלל בית הכנסת לבור מים.
אחרי מלחמת ששת הימים במהלך החפירות במנהרות הכותל רב הכותל הרב גץ, סבר שהדרך מעבר לשער תוביל אל מקום גניזת ארון הקודש וכלי המקדש, ועל כן החליט לפתוח את איטום השער.
עובדי משרד הדתות פתחו את השער והחלו בעבודות ניקיון של המבואה מן המים והרפש שהצטברו בו, על מנת להתקין בו שוב בית כנסת ולהציב בו ארון קודש. אחרי כחודש וחצי של עבודות פורסם הדבר בכלי התקשורת. הערבים השתלשלו לתוך הבור מתוך הר הבית, תקפו את אנשי משרד הדתות והתחילו לסתום בבלוקים את הכניסה לשער. במשך כמה ימים לא שככו המריבות האלימות בין המוסלמים שנכנסו לבור דרך רצפת הר הבית ובין היהודים שהיו במנהרות הכותל, עד ששר המשטרה והדתות ד"ר יוסף בורג נאלץ להורות לעיריית ירושלים לאטום את פתח שער וורן. מן הצד הפנימי יצקו הערבים קיר בטון עבה, וכך נותר הדבר עד היום. הרב גץ הקים בית כנסת בסמוך לשער האטום, בית הכנסת קיים עד היום ונקרא בית הכנסת של הרב גץ. הגישה אליו היא דרך מנהרות הכותל.
