קבריהם של אסתר ומרדכי ממוקמים במערת קבורה שבה שתי מצבות עץ גדולות המכוסות בפרוכות. המצבה הימנית מיוחסת לאסתר ועליה רשום "זה הארון אשר בו נקברה אסתר הצדקת"; ואילו השמאלית היא של מרדכי ועליה נרשם, לצד אילן היוחסין שלו, לאמור "זהו ארון הקודש של מרדכי הצדיק".
ברווח שבין שתי המצבות ניצבת אבן המכסה בור עמוק, שעל פי אחת המסורות מוביל לירושלים. מעל מערת הקבורה הוקם מבנה לבנים במהלך המאה ה-16 או ה-17 ומעליו מגדל מעוגל. במבנה חדר קטן השוכן בסמוך לקברים ומשמש כחדר תפילה, וכן אולם גדול המשמש לעריכת אירועי בר מצווה, בריתות ועוד, וכן לקריאת מגילת אסתר בפורים:
"כל שנה בפורים היו יהודי פרס עולים אל הקבר כדי לחגוג ולקרוא את המגילה קרוב ככל האפשר לשתי הדמויות שעמדו במרכזה"
הקירות סביב הקברים מעוטרים בפסוקים: "איש יהודי היה בשושן הבירה ושמו מרדכי וכו'", "ה' מלך, ה' מלך ה' ימלוך לעולם ועד" ועוד. בכניסה לקבר מוצב שומר מטעם השלטון וכל הבאים נדרשים להסיר את נעליהם. לא ברור אם הדרישה נובעת מכך שקבר מרדכי ואסתר הפך למקום קדוש גם עבור המוסלמים, או בשל כתובת נוספת על אחד הקירות, לאמור "של נעליך מעל רגליך כי המקום אשר אתה עומד עליו אדמת-קודש הוא".
צפו ברבה של איראן הרב יהודה גרמי קורא את מגילת אסתר היום פורים תשפ"א בקבר הקדוש
וואאאוו מרגששש
איזה כיף לו