הליגה היהודית נגד השמצה, שמתעדת בשקידה כל נפיחה אנטי-יהודית, מקטלגת את הווריאציות של "הקשר היהודי נגד אמריקה", מחברי הדו"ח קובעים, כי מה שמזין רבות מתיאוריות הקונספירציה שמופצות על אירועי ה-11 בספטמבר, הם מוטיבים אנטישמיים ידועים, המזכירים את טענות ה"פרוטוקולים של זקני ציון" וגורסים כי רשת סודית בינלאומית, המנוהלת על ידי יהודים וציונים, פועלת במחשכים כדי להשפיע על העולם, הפעם במטרה להכפיש את המוסלמים או לגרום נזק לנוצרים.
בעוד רבים מהטיעונים נגד ישראל והיהודים מצליחים ליצור ברית בלתי-אפשרית כמעט בין ארגוני ימין גזעניים לבין גורמים מוסלמיים וערביים החוזרים על הטענות שמושמעות, הרי שניתן להבחין לא פעם, בעיקר בארגונים הנאו-נאצים, בניסיון לקשור את היהודים והערבים יחד כאשמים בפיגועים, כמו למשל בקריקטורה שבה נראים מגדלי התאומים המתפוצצים וברקע אדם לבן המאשים את ה"חומים" ואת ה"שמים" שהגיעו לאמריקה באחריות לכך.
תיאוריות הקונספירציה, שעיקר תפוצתן באינטרנט, נחלקות לכמה קבוצות עיקריות: בראשונה ניתן למנות את הטענות המושמעות כאילו ה"מוסד" הישראלי הוא שביצע את הפיגועים, מכיוון שרק ארגון זה מחזיק ביכולת המתוחכמת ובידע הדרוש כדי להוציא לפועל אירוע כה רחב היקף. "גורמים במוסד ובסי-איי-אי רצו להשתלט על נתיב הברחת האופיום מאפגניסטאן ולכן הכינו תוכנית שתגרום לארה"ב לתקוף את אפגניסטאן ולהדיח את הטליבאן", נכתב באחד האתרים.
טענות אחרות קשורות ל"רשת הסטודנטים לאמנות" – סיפור שלפיו רשת של מרגלים ישראלים המתחזים לסטודנטים לאמנות התפרסה בארה"ב, עקבה אחר החשודים בביצוע הפיגועים ואולם לא עשתה דבר כדי לעוצרם או להודיע לשלטונות על כוונותיהם. לכך מצטרפת גם הטענה כי חברות ישראליות הפועלות בארה"ב הן שהפעילו את רשת המרגלים ושימשו מסווה למעקב ישראלי אחר חשודי הטרור.
הארגונים האנטישמיים הפיצו בעבר כי הנאמנות הכפולה של יהודים בעלי תפקידים בכירים בממשל הפכה אותם למשרתים של "האינטרס הציוני" והניעה אותם לסוכך על המעורבות הישראלית בפיגועים. למשל: מייקל צ'רטוף, "גזען יהודי קיצוני" והשר לביטחון פנים, שב-2001 היה ראש כוח המשימה ללוחמה בטרור במשרד המשפטים, אך לא עשה דבר כדי להעמיד לדין את "המרגלים הישראלים".
טענה אחרת מספרת כי "ארבעת אלפים" יהודים שעבדו ב"תאומים", לא הופיעו לעבודה ב-11 בספטמבר, לאחר שהוזהרו ע"י סוכני מודיעין ישראליים. (יש טוענים שמקור הברווז הזה באל מנאר, הטלוויזיה של חיזבאללה).
תיאוריה אחרת שמופצת נוטה יותר לכיוון האנטישמי הקלאסי וטוענת כי "הבעלים היהודים של מגדלי התאומים" יזמו את הפיגועים כדי לזכות בכספי הביטוח.
