היועץ המשפטי לממשלה, ד"ר אביחי מנדלבליט, הגיש לבג"ץ את תגובתו לעתירות המבקשות למנוע את הטלת תפקיד הרכבת הממשלה על ראש הממשלה, וכן להורות על בטלות ההסכם הקואליציוני או על בטלות סעיפים ממנו. בתמצית, עמדת היועמ"ש היא כי על אף הקשיים המשמעותיים הקיימים שמתעוררים בעניין, אין בהם כדי להקים עילה להתערבות שיפוטית, שמשמעותה היא שרוב חברי הכנסת יהיו מנועים מליזום הקמת ממשלה חדשה בישראל שח"כ נתניהו יעמוד בראשה.
ביחס לטענות השונות שהועלו בנוגע להסכם הקואליציוני, היועמ"ש סבור כי על-פני הדברים, הסדרים מסוימים שנקבעו בהסכם הקואליציוני מעוררים קשיים משמעותיים. עם זאת, לדעת היועמ"ש לא קמה בעת הנוכחית עילה לפסילת ההסכם הקואליציוני גופו, בשלב בו אנו מצויים כעת; ובהינתן – וכאן העיקר – שאין בכוח הוראותיו לגבור על הוראות הדין החרות ועל הוראות המשפט הציבורי המהותי עת יבוא ההסכם לכלל מימוש. על כן, היועמ"ש סבור כי יש לדחות גם את הסעדים המבקשים להביא לביטול ההסכם, או לביטול חלק מסעיפיו. היועמ"ש מציין, כי בחינת חוקיות הסדריו השונים של ההסכם הקואליציוני, נכון שתיעשה בשלב הוצאתו של ההסכם מן הכוח אל הפועל.
בעמדה נאמר, כי ההסכם הקואליציוני טומן בחובו הסכמה לקידום שינויים חוקתיים משמעותיים, ובכלל זה יצירת מודל משטרי חדש שאינו טבעי לשיטת המשטר בישראל. בתוך כך, ההסכם אף כולל, בין היתר, סעיפים שמבקשים לשנות מיחסי הכוחות שבין הממשלה לבין הכנסת, ובין סיעות האופוזיציה לבין סיעות הקואליציה, בתוך הכנסת פנימה. ההסכם הקואליציוני אף קובע כי בתקופת החירום שהוגדרה בו יוקפאו מינויים ואיוש תפקידים בשירות הציבורי, לרבות מינויים לתפקידים בכירים ביותר, הכוללים גם מינויים במערכת אכיפת החוק. על כך ביקש ההסכם להוסיף הוראות, הנוגעות לזהות חברי הכנסת שיכהנו בוועדה לבחירת שופטים.
ההסדרים הפרטניים יחייבו בתורם בחינה קפדנית, בין במעלה הליך החקיקה, בין ברמה מינהלית, כדי לוודא שהקשיים המשמעותיים הניכרים כבר על פני השטח, ואשר הוצגו לעיל, ואלה שעוד יתגלו במעלה הדרך, יקבלו מענה כנדרש. מכל מקום, ההכרעה הסופית בדבר חוקיותם וחוקתיותם של ההסדרים הפרטניים, צריכה להיבחן רק לאחר שהליכי החקיקה יושלמו, ועל רקע הפעלתם המעשית של הוראות ההסכם. מכל מקום, היועמ"ש מצא להציב "תמרורי אזהרה" ברורים ביחס לחלק מהוראות ההסכם וליישומו בהמשך הדרך, אף אם לעמדתו אין מקום לפסילת ההסכם כולו או פסילת חלק מהוראותיו.
בעמדה מציין היועמ"ש, כי לא ניתן לשלול באופן קטגורי את האפשרות כי בנסיבות קונקרטיות חריגות, תקום עילת נבצרות תפקודית הנובעת מכך שראש הממשלה הינו נאשם בפלילים. ואולם, במצב הדברים הנתון, עמדת היועמ"ש היא כי מכלול הנסיבות הרלוונטיות הקיימות, אינו מבסס עילה לקביעה שיפוטית לפיה נבצר מראש הממשלה למלא את תפקידו.
