ששת החטופים נרצחו במנהרה ברפיח שנמצאת במרחק של קילומטר מזו שבה נמצא החטוף פרחאן.
צה"ל לא ידע במדויק על מיקום השישה בחודשים האחרונים, אך ידע שיש חטופים במרחב ולכן הפעולה ברפיח הייתה מדורגת ואיטית מאז החלה שם הלחימה הקרקעית.
במהלך הפעילות לא הייתה היתקלות עם המחבלים שרצחו את השישה וברחו, ויתכן שחוסלו בלחימה שנמשכה שם עד לאחרונה מעל הקרקע. כוחות צה"ל הגיעו בבוקר השבת ואיתרו את הששה, הגופות הוצאו לשטח הישראלי בגבול ושם ב-4 לפנות בוקר צוותי זיהוי של המשטרה והרבנות אימתו את זהותם.
בצבא מעריכים כי החטופים נרצחו יממה או שלושה לפני שאותרו עוד לא יודעים וזה תלוי במכון לרפואה משפטית. לפני שאיתרו את פרחאן בצבא דגשים לפעולה זהירה וממוקדת מחשד שיש שם עוד חטופים, לא ידענו באופן מודיעיני איפה הם נמצאים אך היו חשדות כי יש חטופים במרחב. כמו כן מעריכים בצבא כי מחבלים רבים נמלטו למוואסי.
גורם מדיני התייחס למציאת גופותיהם של ששת החטופים ואמר: "שלושה מהם היו ברשימה שחמאס הסכים להשיב, ולמעשה אפשר היה לאשר ב-2 ביולי. על הרש הייתה הסכמה בגלל שהיה פצוע, גם על כרמל ועדן".
