אירוע הפיגוע במעבר אלנבי העלה לכותרות את מערכת היחסים הביטחונית המורכבת בין ישראל לירדן. למרות שבדרך כלל קשרים אלו נשמרים מתחת לרדאר, בעיקר בשל רגישויות פוליטיות בירדן, האירוע האחרון חשף את עומק שיתוף הפעולה בין המדינות.
גורמי ביטחון ישראליים הדגישו כי הקשרים הביטחוניים בין המדינות הם טובים ומתנהלים בשיתוף פעולה הדוק. דיווח בחדשות כאן 11 חשף כי מיד לאחר הפיגוע התקיימה פגישה במעבר אלנבי בין נציגי צה"ל ושב"כ לבין עמיתיהם הירדנים. בפגישה זו נדונו דרכים לשיפור סידורי הביטחון במעבר וחולק מידע רלוונטי לחקירת הפיגוע שגבה את חייהם של שלושה ישראלים.
ישראל וירדן חולקות גבול יבשתי באורך של למעלה מ-350 קילומטרים, המשתרע מהערבה ועד דרום רמת הגולן. לאורך גבול זה, שתי המדינות פועלות במשותף למניעת הברחות אמצעי לחימה. בעקבות האירוע, צפויה להתקיים הערכת מצב בישראל לגבי פתיחתו המחודשת של מעבר אלנבי.
המצב בירדן בעקבות הפיגוע מורכב: בעוד הרחוב הירדני מביע שמחה על הפיגוע, השלטון ההאשמי מגלה מבוכה ודאגה מההשלכות האפשריות. תגובות אלו משקפות את המתח המתמיד בין הדעה הציבורית לבין האינטרסים האסטרטגיים של הממלכה ההאשמית ביחסיה עם ישראל.