תחקירים פנימיים בצה"ל חושפים פערים משמעותיים בין גרסת המטכ"ל לגרסת חיל האוויר בנוגע להעברת המידע בשעות הקריטיות של 7 באוקטובר. בעוד המטכ"ל טוען להעברת מידע שוטפת, חיל האוויר מדגיש כי לא קיבל תמונת מצב מלאה. בלב המחלוקת עומדת השאלה מה בדיוק ידע חיל האוויר בשעות הראשונות למתקפה, ומתי הועבר המידע המשמעותי לגבי היקף האירועים. התחקירים מעלים שאלות נוקבות לגבי תהליכי העברת המידע והתיאום בין הגופים השונים בצה"ל.
ממצאי התחקיר המטכ"לי מצביעים על שרשרת אירועים משמעותית בשעות שקדמו למתקפה. בשעות הבוקר המוקדמות של ה-7 באוקטובר, התקיימה שיחה בין הרמטכ"ל רא"ל הרצי הלוי ומפקד פיקוד הדרום אלוף ירון פינקלמן. ראש אגף המבצעים, אלוף עודד בסיוק, הצטרף לשיחה ביוזמתו והנחה לעדכן את מפקדי חיל האוויר והים. בשעה 06:29 החלה המתקפה, ובשעה 06:36 שוחח הרמטכ"ל עם מפקד חיל האוויר, אלוף תומר בר. בשעה 07:05 הועברה הודעה בקבוצת הווטסאפ של רל"שי אלופי מטכ"ל על מעבר ל"מלחמה", הודעה שמשמעותה נתונה במחלוקת.
גורמים במטכ"ל מדגישים כי התקיימו שיחות רבות וחריגות בהיקפן בין חטיבת המבצעים לבכירי חיל האוויר החל מהשעה 06:30, במטרה להעביר תמונת מצב עדכנית. מנגד, גורמים בחיל האוויר טוענים כי "הרדימו את החיל" וכי ההנחיות שהתקבלו היו טקטיות בלבד.
לפי גורמי חיל האוויר, התקיפה האווירית הראשונה בוצעה בשעה 07:15, ועד השעה 11:00 בוצעו כבר יותר מ-150 תקיפות. הם מדגישים כי החיל פעל במדיניות של "להמריא עם מה שיש, לחבור לכוחות בשטח ולעשות מה שאתם רואים לנכון", למרות הקושי בהקפצת כוח האוויר כולו והתחברות לכוחות הקרקע.
בתגובה רשמית מסר דובר צה"ל כי "ב-7 באוקטובר צה"ל, ובתוכו חיל האוויר, כשל במשימתו. לצד זאת, חיל האוויר עמד בכלל הכוננויות המבצעיות ואף מעבר לכך. מטוסי קרב, כטמ"מים ומסוקי קרב ביצעו מאות רבות של תקיפות וחיסלו מאות מחבלים בסמוך ליישובים ובמרחב הגדר". צה"ל הדגיש כי התחקיר עדיין בעיצומו וכי הפרטים המוצגים אינם מהווים את הסיכום הרשמי.