ראש הממשלה בנימין נתניהו וממשלת ישראל הגישו את תגובתם לבקשות לצו ביניים בעתירות נגד הדחתו של ראש השב"כ רונן בר, באמצעות עורך-הדין ציון אמיר שנשכר על ידי המדינה, לאחר שהיועמ"שית אישרה לממשלה ייצוג עצמאי בעתירה, בשל התנגדותה להדחה המתבקשת.
עיקר הטענות כפי שעולות מכתב התגובה היא שהסמכות להעברת ראש השב"כ נתונה לממשלה על-פי הדין. "הממשלה החליטה פה אחד להעבירו מכהונתו. אחריות הממשלה על השב"כ היא חלק מאחריותה לביטחון המדינה. לכן, הסוגיה אינה שפיטה".
בנוסף נטען ש-"הנפגע העיקרי מההחלטה בחר שלא להופיע בפני הממשלה ולהציג את טיעוניו, ואף בחר לא לעתור לבג"ץ בעניין. בפסק דין "פוקס נגד היועץ המשפטי לממשלה (מנדלבליט)" נקבע כי אין לדון בעתירה של עותרים ציבוריים בעניין שבו יש נפגע אישי, ישיר ומובהק שבחר שלא לעתור לבג"ץ שכן "הם מתעברים על ריב לא להם".
טענה נוספת שמוצגת על ידי עו"ד ציון אמיר היא ש-"בתהליך החקיקה של חוק "שירות הביטחון הכללי" ובדגש על הסעיף שמסמיך את הממשלה לסיים את כהונת ראש השב"כ לפני תום תקופת כהונתו, הבהיר המשנה ליועמ"ש דאז, מני מזוז, כי הנחת המוצא היא ש"ראש שירות לא יכול לכהן אם הוא לא נהנה מאמון הממשלה". אי אפשר לכפות על ראש הממשלה והממשלה המשך עבודה עם ראש שב"כ שאינו נהנה מאמונם".
בנוסף טוען נתניהו והממשלה כי "אין שחר לטענה כאילו החקירות בעניין קטר גרמו להחלטה להעביר את ראש השב"כ מכהונתו. הסדר הכרונולוגי של האירועים מוכיח את ההיפך, ובכל מקרה ראש הממשלה לא חשוד בשום עבירה ולא נמצא בניגוד עניינים".
טענה מעניינת נוגעת דווקא למכתבו של ראש השב"כ רונן בר, שאותו שיגר לשרים קודם הדיון בפיטורו: "המכתב ששיגר לממשלה, בו הודיע שאין לו אמון בממונים עליו והטיח בהם האשמות שווא, הוא בפועל מכתב התפטרות".
"בשל כל אלה ועוד, ראש הממשלה והממשלה מבקשים לדחות את הבקשה למתן צו ביניים".
