למרות מאמצים מתמשכים במשך 18 חודשים, כוחות צה"ל הצליחו לנטרל רק כרבע מרשת המנהרות התת-קרקעית של חמאס ברצועת עזה. כך עולה מדיווח שפורסם בחדשות 12, המתבסס על נתונים שהוצגו בדיונים סגורים במערכת הביטחון. גורמים ביטחוניים מביעים דאגה גם מקיומן של תעלות הברחה תת-קרקעיות בגבול מצרים-עזה, למרות הנוכחות הישראלית בציר פילדלפי. מומחים בתחום מציינים כי השליטה הפיזית באזור אינה מבטיחה מניעה מוחלטת של פעילות הברחות מתחת לפני הקרקע.
הנתונים שהוצגו בפני בכירי מערכת הביטחון מציירים תמונה מאתגרת: כ-75 אחוזים מתשתית המנהרות שעמדה לרשות חמאס ערב אירועי 7 באוקטובר נותרה שלמה ופוטנציאלית פעילה. משמעות הדבר היא שלמרות ההתקדמות המבצעית של צה"ל ברצועה, חלק ניכר ממערך התת-קרקעי של הארגון נותר ללא פגע.
בדיונים שנערכו לאחרונה במערכת הביטחון, העריכו גורמים מקצועיים כי קצב נטרול המנהרות עומד בפני אתגרים טכניים וטקטיים משמעותיים. הערכות אלו מבוססות על מיפוי והערכות מודיעיניות לגבי היקף מערך המנהרות הכולל שנבנה במשך שנים ארוכות מתחת לרצועת עזה. סוגיה נוספת שעלתה בדיונים נוגעת למנהרות ההברחה בין מצרים לרצועת עזה. במערכת הביטחון מעריכים כי קיים "מספר לא מבוטל" של מעברים תת-קרקעיים שנועדו להעברת סחורות ואמצעי לחימה אל תוך הרצועה, חרף המאמצים לחסום את נתיבי ההברחה.
על רקע זה ניצבת המחלוקת סביב הנוכחות הישראלית בציר פילדלפי, הגבול הדרומי של הרצועה עם מצרים. ישראל מסרבת לסגת מאזור זה, למרות שמומחי ביטחון הבהירו כי "החזקת ציר פילדלפי לא בהכרח תמנע הברחות מתחתיו". עמדה זו מבטאת את המורכבות של המאבק בתשתיות התת-קרקעיות, שלעתים קרובות מצויות בעומק רב מתחת לפני הקרקע.
הדיון בסוגיית המנהרות ממחיש את האתגרים ארוכי הטווח העומדים בפני צה"ל בלחימה ברצועת עזה, ובפרט את הקושי בנטרול תשתיות שנבנו במשך שנים ארוכות מתחת לפני השטח
