הערכות בישראל מתחילות להצטבר לכדי מסקנה עגומה: המבצע הצבאי שכוון לחיסול בכירי חמאס בדוחא ככל הנראה נכשל. בעוד שבתחילה הייתה תקווה לחיסול של לפחות אחד או שניים מהיעדים, כעת, ככל שחולפות השעות, מתחזקת ההבנה כי רובם המכריע של הבכירים שרדו את המתקפה. המידע הזה, שהועבר גם לשרים בקבינט, מצביע על חוסר אופטימיות משמעותי לגבי תוצאות המבצע, ומסמן אותו ככישלון.
אחת התיאוריות המרכזיות לכישלון המבצע מתמקדת בפרט מודיעיני מפתיע. על פי דיווחים שהגיעו מאיראן, רגע לפני התקיפה, בכירי חמאס עזבו את חדר המשא ומתן לצורך תפילת הצוהריים. המודיעין הישראלי, כנראה, הטעה את עצמו כשהמשיך לעקוב אחר הטלפונים הניידים שהושארו בחדר, והניח שהבכירים עדיין שם. התנהלות זו, שככל הנראה נועדה להטעות את הצד הישראלי, אפשרה להם להימלט מהמבנה בזמן וברגע הקריטי.
בדיונים סגורים במערכת הביטחון עולות שתי סיבות אפשריות נוספות לכישלון, המתווספות למחדל המודיעיני. האפשרות הראשונה היא שימוש בחימוש לא מתאים למבנה, שלא גרם להרס הרצוי. האפשרות השנייה היא שהבכירים, מכל סיבה שהיא, הספיקו לעבור לחלק אחר במבנה שבו לא התבצעה ההפצצה, וכך ניצלו. המתקפה, שבוצעה באמצעות 12 טילים ו-15 מטוסי קרב, כוונה בעיקר לחסל את ח'ליל אל-חיה, זאהר ג'בארין וח'אלד משעל.
לאחר המתקפה, המקורות בארגון חמאס החלו לדון ביעדים הבאים של מנהיגיהם. ל"א-שרק אל-אווסט" מסרו כי הנושא עדיין בבירור, וייתכן שחלקם יישארו בקטאר, בעוד שאחרים יעברו לטורקיה או "למקום אחר שייראה בטוח יותר". "א-שרק אל-אווסט" אף ציטטו את מקורותיהם בארגון, כי הם "לא שללו את האפשרות כי חלק מהבכירים המשפיעים יותר יעברו למדינות כמו אלג'יריה או מאוריטניה". בנוסף, הם ציינו כי "בעבר נשקלה גם האפשרות שחלק מהבכירים יעברו למלזיה, אך אפשרות זו נשללה בשל תנאים ביטחוניים מסוימים, שעליהם לא פירטו".
למרות הכישלון המסתמן של המבצע, מנהיגות חמאס הופיעה בציבור כדי לכבד את חמשת הפלסטינים ואיש הביטחון הקטארי שנהרגו בתקיפה. חמאס פרסם תמונות מהלוויה, בהן נראו אוסאמה חמדאן, חוסאם בדראן ועיזת א-רישק, בכירים בלשכה המדינית של הארגון. בטקסים לקחו חלק גם אמיר קטאר ונציגיו, מה שמדגיש את הקשר ההדוק בין חמאס לקטאר. עם זאת, ח'ליל אל-חיה, שנחשב לאחד מיעדי ההתנקשות, לא נצפה בלוויה לאחר שבנו וראש לשכתו נהרגו בתקיפה.
ההמתנה לגיבוש תמונת המודיעין הסופית ממשיכה במערכת הביטחון. בחדשות 12 דווח כי גורם ישראלי עדכן כי "אנחנו ממשיכים להמתין לגיבוש תמונת המודיעין הסופית ומקווים שאולי חלק מהבכירים חוסלו". אך עם זאת, הוא הוסיף בחוסר אופטימיות: "אך ככל שחלופות השעות מסתמן שרוב מטרות המבצע לא הושגו". כישלון המבצע הזה מעלה שאלות קשות בנוגע לאסטרטגיה הישראלית ולמאמצים המודיעיניים שלה מול הנהגת חמאס.
