מאבק פנים חרדי פומבי חסר תקדים פרץ בימים האחרונים בין ש"ס לדגל התורה, בעקבות מינויו של איש ש"ס, חננאל שם טוב, לממונה על המועצה הדתית בירושלים וזאת בניגוד לדעתה של 'דגל התורה' שביקשה גם היא להחזיק בתפקיד.
בשיחה עם 'המחדש' סיפרו גורמים בדגל התורה, כי במהלך החודשים האחרונים הושגו הסכמות בין ראשי המפלגות דרעי וגפני, לפיהם לא יבוצעו מינויים שלא בהסכמה. במקביל, השר לשירותי דת לשעבר ח"כ מלכיאלי, תקף בימים האחרונים את דגל התורה וגפני, בטענה כי אלו מנעו העברות כספים לטובת מקוואות והבוקר הגיעו הדברים לפיצוץ פומבי.
מקורבי יו"ר דגל התורה ח"כ משה גפני הגיבו הבוקר ואמרו כי "נסיונות ההכפשות הזולות הפכו לכלי כשנגמרים הטיעונים, הם לא יחליפו עובדות ולא יטשטשו את האמת והם בעיקר מעידים על החשש מאובדן שליטה, כוח ושררה". לדבריהם, "ח"כ הרב גפני פועל על פיהם של מרנן ורבנן גדולי ישראל שליט"א בכל צעד ושעל, כך גם בנושא הזה שאל וקיבל את הוראתם לפני כל פעולה וצעד שעשה ויעשה".
הגורמים ב'דגל התורה' הוסיפו ותקפו: "כולנו עדים לנזק ולחורבן שהם הותירו אחריהם בשנים האחרונות בנושאי הכשרות, המקוואות וכל שירותי הדת כולל בירושלים. תם העידן בו לציבור דגל התורה לא יהיה ייצוג בנושאים הללו בכל הארץ, ממטולה ועד אילת, כולל בירושלים, שם דגל התורה היא הסיעה הגדולה בעיר. אם מישהו בש"ס עדיין לא הבין את המציאות החדשה – כדאי שיפנים זאת. הציבור כבר אמר את דברו. השינוי כבר בעיצומו."
מנגד, מקורבי השר לשעבר ח"כ מיכאל מלכיאלי בתגובה לדברי מקורבי משה גפני הגיבו ואמרו: "ראשית, המועצ"ד הדתית בי-ם לא הייתה בשליטת ש"ס בשנים האחרונות, שנית באתר עיריית י-ם מחזיקה מפלגת ש"ס בשישה נציגים בדיוק כמו המפלגה אותה מתיימר לייצג גפני. כך, שלא ברור מהיכן הנתונים השקריים של גפני שהוצגו. תנועת ש"ס בראשות הרב אריה דרעי מייצגת בעוז וגאון את שמירת והנגשת הדת ברחבי הארץ במשך עשרות שנים בהצלחה רבה כאשר רק בשנים האחרונות נשבר שיא של תקצוב מקוואות (כן. מה שניסיתם לבלום ללא הצלחה) ומינוי רבני ערים".
מקורבי מלכיאלי הוסיפו וטענו כי "בימים האחרונים, אנו מוצפים בפניות רבות על חשש גדול בקרב ראשי המועצ"ד בכדי לא לאפשר כל דריסת רגל לגפני ואנשיו בכל תחום שירותי הדת בארה"ק כאשר הנ"ל הפגין חוסר ההבנה בסיסית בחשיבות המקוואות ומי יודע לאן עוד אפשר לדרדר רח"ל. קצת צניעות לא תזיק לגפני שעומד בראש המפלגה הקטנה ביותר בכנסת עם 3 מנדטים. כאשר שכח את תוצאות הבחירות האחרונות לכנסת, כשתנועת ש״ס קיבלה 11 מנדטים – 400.000 קולות".
הגורמים בש"ס הוסיפו ותקפו בתגובתם: "לסיום, מפלגת דגל התורה הגישה ביממה האחרונה מועמדות של רב דתי לאומי לרבנות העיר באר שבע בניגוד לדעתם של גדולי ראשי הישיבות הגר"א פילץ והגר"י פרידמן שליט"א אשר הביעו תמיכתם במועמד אחר הנתמך ע"י מרנן ורבנן שליט"א – בדיוק נראה כאשר רק מירוץ ג'ובים מנחים את הדרך".