מנכ״ל משרד הפנים, ישראל אוזן, העביר ליועצת המשפטית לממשלה, גלי בהרב־מיארה, את עמדת משרד הפנים ביחס לאפשרות שיכללו תנאי לקבלת הנחה בארנונה הנוגע להסדרת מעמד מול צה"ל. מדובר במכה קשה לניסיונות לקדם סנקציות כלכליות ועקיפות דרך הרשויות המקומיות, כאשר גורמי המקצוע במשרד הפנים מזהירים באופן חד-משמעי מפני השלכות הרסניות על הציבור ועל יציבותן של הערים בישראל.
במכתב הרשמי והנוקב שנשלח ליועמ"שית, מפרט מנכ"ל משרד הפנים, ישראל אוזן: "לאור הקשיים המקצועיים והיישומים שהועלו על ידי גורמי המקצוע במשרד הפנים, עמדת המשרד היא כי תיקון התקנות כפי שהוצע, משנה ומהווה התערבות משמעותית ביחסי השלטון המרכזי-המקומי, דבר אשר עד כה המשרד נמנע מלעשות ומעלה חשש כי הדבר ישפיע על מארג היחסים בין השלטון המרכזי לשלטון המקומי." ההתנגדות הגורפת של המשרד נשענת על ניתוח מעמיק של אגפי התקציבים והרווחה, המצביעים על כך שהפיכת הרשויות המקומיות לכלי אכיפה של צה"ל היא צעד פגול מיסודו שיחטיא את מטרתו.
מעבר לפגיעה העקרונית באוטונומיה של השלטון המקומי, בהתאם לעמדת גורמי המקצוע במשרד, עולה חשש כי תיקון התקנות יכניס באופן מיידי רשויות רבות לסחרור תקציבי ולגירעון, בשל האתגרים הרבים הכרוכים ביישומו והקשיים המהותיים שעלו בבחינה המקצועית. על פי הדוח המצורף למכתב, מחלקות הגבייה בעיריות ובמועצות המקומיות יקרסו תחת נטל בירוקרטי חסר תקדים, כאשר פקידי הרשות ייאלצו לנהל "משפטים קטנים" ולשמש כחוקרי סטטוס צבאי של האזרחים. במשרד מזהירים כי המשאבים הכלכליים הרבים שיושקעו בהליכים אלו ובמערך של עיקולים והוצאה לפועל נגד משפחות מעוטות יכולת, יקזזו לחלוטין את כל רווחי הרשויות, ויגרמו לגירעונות ענק שיחלחלו ישירות לכיסו של התושב.
החשש הגדול ביותר של גורמי המקצוע הוא שבמבחן המציאות, הסנקציה המוצעת תהפוך ל"אות מתה" ותביא לתוצאה הפוכה: תושבים נזקקים שיישללו מהם ההנחות בארנונה, המבוססות על קריטריונים סוציו-אקונומיים מובהקים, פשוט יחדלו לחלוטין מלשלם את מס הארנונה לרשות המקומית, מה שימוטט לחלוטין את תקציבי הערים והשירותים הבסיסיים הניתנים לתושב. יתרה מכך, הדוח מתריע מפני השלכות חברתיות קטסטרופליות: שלילת רשת הביטחון הזו תגלגל באחת אלפי משפחות, בהן ילדים, קשישים ותינוקות, אל מתחת לקו העוני, ותחייב בהמשך תקצובי עתק לשירותי הרווחה. בשל כך, חותם מנכ"ל משרד הפנים את פנייתו בקביעה הברורה כי המהלך אינו רלוונטי לחלוטין ככלי אכיפה כללי, וכי השלטון המרכזי אינו יכול להשתמש בחלשים ביותר כבני ערובה במחלוקות פוליטיות וציבוריות.