בית המשפט העליון דחה ברוב דעות את שתי העתירות שהוגשו נגד מינויו של האלוף רומן גופמן לתפקיד ראש המוסד למודיעין ולתפקידים מיוחדים, וקבע כי פרשת אלמקייס אינה מבססת פגם בטוהר המידות המצדיק את פסילת המינוי. מנגד, השופטת דפנה ברק-ארז סברה בדעת מיעוט כי יש להמשיך בבירור ולהוציא צו על-תנאי וצו ביניים עד להשלמת הבדיקה, מבלי לקבוע מסקנה לחובתו של גופמן.
העתירות עסקו בהחלטת ראש הממשלה למנות את המזכיר הצבאי לראש הממשלה, האלוף רומן גופמן, לתפקיד ראש המוסד, לאחר שהוועדה המייעצת למינויים לתפקידים בכירים בחנה את מועמדותו בהיבטי טוהר מידות. בלב הדיון עמדה פרשת חקירתו ומעצרו של אורי אלמקייס, קטין בעת האירועים, שנעצר בחשד לעבירות ביטחון חמורות לאחר שלפי הנטען קיבל והפיץ מידע מסווג בערוץ טלגרם.
לפי התשתית שהוצגה בפני בית המשפט, בחודשים שלפני המעצר התקיים קשר בין קצין מודיעין מאוגדת הבשן לבין אלמקייס. אותו קשר נעשה באישורו של גופמן, ששימש אז כמפקד האוגדה. בית המשפט עמד על כך שחלק מהמידע שהועבר לאלמקייס היה בלתי מסווג, אולם נמסרו גם פרטי מידע שככל הנראה היו מסווגים – דבר שלפי העולה מהחומר לא נעשה בידיעתו או באישורו של גופמן.
השופט עופר גרוסקופף, שכתב את פסק הדין העיקרי, הדגיש כי דווקא בשל הרגישות הרבה של תפקיד ראש המוסד נדרש בירור זהיר ומדוקדק של הטענות. עם זאת, לאחר עיון במכלול החומרים – לרבות חומר מסווג – הגיע למסקנה כי התנהלותו של גופמן אינה מטילה בו “דופי ערכי” ואינה מצדיקה פסילה. בית המשפט קבע כי הטענות שלפיהן גופמן הפעיל במודע קטין או הטעה את גורמי צה״ל לא בוססו בראיות, וכי הטענה ש״הפקיר״ גורמים בפרשה נובעת מהצגה שגויה של האירועים. לצד זאת נקבע כי אין חולק שנפלו כשלים בהתנהלותו של גופמן, ואף ננקט נגדו בזמנו צעד משמעתי – אך אלה אינם נוגעים לטוהר המידות.
גם השופט אלכס שטיין הצטרף לתוצאה של דחיית העתירות, וקבע כי אף שנפלו ליקויים באיסוף הראיות בוועדה, הם אינם יורדים לשורש העניין ואינם מביאים לבטלות המינוי. לדבריו, לא נמצא כל רבב העולה כדי סטייה מטוהר המידות. לצד זאת, שטיין מתח ביקורת חריפה על חלק מהטענות שהופנו כלפי גופמן.
מנגד, השופטת דפנה ברק-ארז סברה כי קיימות עדיין שתי שאלות פתוחות שלא מוצו עד תום: האם גופמן מסר אמת במסגרת שיחת הבירור שנערכה עמו בזמן אמת, וכן שאלת מה שכונה “עמידה מנגד” או “הפקרה” לאחר שנודע על מעצרו של אלמקייס. לשיטתה, היה צורך בהשלמת בירור באמצעות זימון עדים נוספים והוצאת צו ביניים שיעכב את כניסת המינוי לתוקף. עם זאת, גם בדעת המיעוט הודגש כי אין בסיס להטלת דופי על גופמן על סמך החומרים הקיימים.
פסק הדין מגיע לאחר הליך ממושך שכלל השלמות עובדתיות, הגשת תצהירים נוספים והמלצה של בית המשפט לוועדה המייעצת לקיים בחינה משלימה. בסופו של דבר נותרה בעינה החלטת הרוב בוועדה שלפיה לא נפל פגם בטוהר המידות של גופמן, וראש הממשלה חתם על כתב המינוי לתקופה של חמש שנים.
