חילופי האשמות בין יו"ר ישר! גדי איזנקוט לראש הממשלה בנימין נתניהו: איזנקוט האשים את נתניהו כי הוא עלול להכניס שיקולים זרים להחלטות ביטחוניות בתקופת המעבר, ודרש ממנו להימנע ממהלכים שאינם דחופים עד להשבעת ממשלה חדשה. בלשכת ראש הממשלה דחו את הדברים ותקפו את איזנקוט, שמיהר להשיב פעם נוספת והעלה שאלות בנוגע להתנהלות נתניהו.
במכתב ששיגר לראש הממשלה התייחס איזנקוט לאחריות המוטלת עליו גם בתקופת המעבר, וכתב: "אני פונה אליך כמי שעודנו אוחז בהגה השלטון וכמי שעודנו ממונה בשעה זו על ביטחון מדינת ישראל, צה"ל וכוחות הביטחון".
איזנקוט התייחס גם לפרסומים מהשבועות האחרונים וכתב: "בשבועות האחרונים פורסמו ידיעות מדאיגות מאוד בנוגע להחדרת שיקולים זרים לקודש הקודשים: ביטחון ישראל"
בהמשך קרא לנתניהו לגלות זהירות יתרה בקבלת החלטות ביטחוניות ולאומיות בתקופה הפוליטית הנוכחית: "במצב פוליטי מורכב ורגיש זה, אולי הרגיש ביותר שהמדינה שלנו ידעה, מוטלת עליך החובה לגלות עודף זהירות ואחריות באשר לקבלת החלטות ביטחוניות ולאומיות, כמו גם להנחות את ראשי הארגונים בדבר החלטות המחייבות את הסכמתו של ראש הממשלה", כתב.
על הסכנות של הפעלת כוחות הביטחון ללא צורך מבצעי שאינו סובל דיחוי, כתב: "הפעלה של כוחות הביטחון ללא איום ישיר ומידי שאינו סובל דיחוי, עלולה להוביל להשלכות הרסניות על הדמוקרטיה הישראלית ועל אמון האזרחים במוסדות השלטון", הזהיר.
בסיום המכתב הציב איזנקוט דרישה מפורשת מנתניהו להמתין עם מהלכים שאינם דחופים עד להשבעת הממשלה הבאה: "אני דורש ממך: בתקופה רגישה זו אתה נדרש לאחריות לאומית, גלה איפוק וזהירות מפני מהלכים מסוכנים שיכולים לחכות להשבעת ממשלה חדשה הזוכה לאמון הכנסת. אל תחלל את אמון העם במוסדות השלטון ובהליך קבלת ההחלטות", כתב איזנקוט.
בלשכת ראש הממשלה לא נותרו תקפו בחריפות את איזנקוט, תוך דחייה מוחלטת של הטענות. בלשכה הבהירו כי "כל ההחלטות שהתקבלו על ידי הממשלה בהובלת ראש הממשלה נתניהו התקבלו משיקולים ביטחוניים בלבד ובתיאום מלא עם מערכת הביטחון. הן הביאו להישגים חסרי תקדים למדינת ישראל, וכך יהיה גם בעתיד".
בהמשך התגובה הטיחו האשמות באיזנקוט כי מערב שיקוליים פולטיים כי "במקום לזרוע פחד ופירוד, יש לנהוג באחריות. המכתב של איזנקוט הוא מהלך חסר אחריות לדון בפומבי בנושאי ביטחון רגישים. זהו ניסיון שקוף להכניס פוליטיזציה לסוגיות הביטחון הלאומי של ישראל".
את המתקפה חתמו בלשכת ראש הממשלה בעקיצה פוליטית חריפה: "במקום לנסות להקים ממשלה עם תומכי טרור, ראש הממשלה נתניהו קורא פעם נוספת לגדי איזנקוט להצטרף לממשלה שנלחמת בטרור".
לאחר ההודעה מלשכת נתניהו איזנקוט הגיב: "אם כך, מדוע סירבת לפנייתי לקבל עדכון מבצעי בצירים רשמיים כנהוג?, מדוע אתה מנסה לעכב את התכנסות ועדת החוץ והביטחון של הכנסת עד לשבוע הבא?, לא אאפשר סטייה של מילימטר משיקולי הביטחון".
